Tag Archives: Transformation

Serie: Vägen till den klonade bakterien #2

När jag lämnade av vid förra inlägget hade jag försökt odla upp bakterier från den tub vi hade fått. Jag hade odlat upp en tub till tio tuber och droppat på några droppar på en agarplatta för att se om det verkligen hade växt, även om det visuellt såg ut som att det hade växt bra. Plattan låg i en inkubator på 37 °C i ett par dagar. Jag förväntade mig att det skulle växa rejält eftersom det var ganska många droppar. Men till min förvåning hade bara en koloniväxt. Trots detta försökte jag mig på att göra en transformation med dessa celler. Protokollet för att göra en transformation i en amatörlabb är inte helt okomplicerat. För att bakterier ska plocka upp främmande DNA måste man behandla dem kemiskt för att försvaga deras cellväggar (göra dem kompetenta). Det finns olika sätt att göra det på, och den bästa metoden kan bara göras på företag eller universiteten eftersom man behöver viss utrustning och material som inte är lätt-tillgängligt. De enklare metoderna är inte lika effektiva men vi har använda kalciumklorid (CaCl₂)-metoden som funkade bra för oss för några år sedan.

Med kalciumklorid-metoden odlar man upp bakterier och låter dem sedan vila i 0.05 – 0.1 M CaCl₂ i 10-20 minuter och sedan heat shockar man bakterierna. Tyvärr finns det inget protokoll för hur man gör detta som passar de förutsättningar som finns på biolabbet i Stockholm Makerspace, så jag har testat mig fram lite, tyvärr utan någon framgång. Senaste gången använde jag 50 µl bakterier och 150 µl 0.1 M CaCl₂ som fick vila i 10 minuter. Det resulterade inte i någon koloni på agarplattan. Det finns några möjliga felkällor:

  • Förhållandet mellan volymen bakterier och CaCl₂ är fel.
  • Blandningen mellan bakterier och CaCl₂ fick inte vila tillräckligt länge.
  • Kylningen av blandningen var inte tillräckligt effektiv.
  • Kylningen efter värmechocken var inte tillräckligt effektiv.
  • Det fanns för lite eller inga bakterier till att börja med.
  • Concentrationen 0.1 M CaCl₂ är för starkt och dödade bakterierna.

Själv tror jag mest på att det inte fanns tillräckligt med bakterier till att börja med, dels baserat på den plattan jag odlade innan, och där det bara hade växt en koloni, men också på att man kunde se att det inte hade växt nåt efter inkubationen efter värmechocken (inget borde ha dödat bakterierna innan dess och de borde ha växt så att det hade varit synligt med blotta ögat). Jag ska odla en till platta med bara bakterier för att dubbelbekräfta att det är för liten koncentration av bakterier.

Men jag tror även att den ineffektiva kylningen både innan och efter värmechocken kan ha spelat en roll, eftersom jag inte hade is för kyla, utan använde kylda metall block. Det ska åtgärdas genom att jag använder is nästa gång. Eventuellt är 0.1 M CaCl₂ för starkt, men tvivlar på det. Det blir en faktor att testa om det misslyckas nästa gång.

Tuber med förhoppningsvis uppodlade bakterier.

Nya workshops i biolabbet under februari

Nu kör vi nya workshops i biolabbet. Dessa är mer eller mindre samma workshops som vi körde med iGEM Stockholm 2016-laget. Det är en serie av tre workshops där de två första lägger grunden för den tredje.

I den första workshopen lär man sig använda en pipett. Kan låta tråkigt men det är det mest använda verktygt i ett biolabb och fel hantering kan leda till att ett helt experiment misslyckas. Däremot är det inte svårt att lära sig hantera en pipett ganska snabbt.

I den andra workshopen lär man sig hur man tillreder agarplattor med näring och odlar bakterier på dem. Agarplattor är något man ofta använder i ett biolabb. Vill man lära sig klippa och klistra med DNA så måste man kunna blanda agarlösningar och odla bakterier på dem. Eventuellt kommer vi ha ett samarbete med Stockholms universitet senare i höst där de lär oss hur man isolerar bakteriofager (virus som infekterar bakterier) och då behöver man ha gjort denna workshop.

I den tredje workshopen kommer vi använda en teknik som kallas för transformation för att ge nya egenskaper till bakterier. I detta fall kommer vi trycka in ett stycke DNA i bakterierna, och de kommer producera motsvarande fluorescerande protein som gör att de kommer lysa grönt eller rött under blåljus.

Dessa workshops ges till medlemmarna i Stockholm Makerspace så om man vill gå dessa workshops behöver man bli medlem i Stockholm Makerspace och sen anmäla sig till respektive workshop på dessa länkar: Workshop 1, workshop 2 och workshop 3.

Nya workshops i biolabbet!

Under november kör vi vår workshops-serie igen. Det blir tre stycken. Den första lägger den viktigaste grunden, vilket är att kunna hantera en pipett. I den andra workshopen lär man sig hur bakterier odlas och olika tekniker för att ta prover från olika ytor och i den tredje visar vi hur man får bakterier att börja lysa. Igår lyckades vi också genomföra en komplett analys av en gen som vi människor har som hjälper oss att känna vissa bittra smaker. En workshop i hur man analyserar DNA kommer därför också komma snart. Vi har också börjat planera för en workshop i den nya spännande tekniken som kallas för CRISPR. Vill man få bakterier att lysa, lära sig analysera DNA eller gå på CRISPR-workshopen behöver man åtminstone ha gjort första workshopen. Så signa upp er om ni vill göra dessa!

Nedan finns mer information om datum, tider och hur man anmäler sig. Observera att du behöver vara medlem i Stockhom Makerspace för att kunna göra workshopsen.

Workshops 1: Pipettering
Datum: 12e november, kl 13:00 – 15:00
Anmälan här.

Workshop 2: Odling av bakterier
Datum: 13e novmber, kl 13:00 – 15:00
Anmälan här.

Workshop 3: Lysande bakterier
Datum: 26e november, kl 10:00 – 15:00
Anmälan här.

petri

Vi skapade bakterier som lyser!

Dåså! Vi har länge pratat om det. Nu äntligen lyckades vi modifiera DNAt för E.coli-bakterier så att bakterierna började lysa!

Vi sa för flera månader sen att vi skulle göra det här experimentet i samarbete med iGEM Stockholm under en workshop. Denna workshop höll vi i söndags förrförra veckan (16e oktober). Tyvärr lyckades vi inte få några lysande bakterier då. Men i söndags förra veckan (23e oktober) var vi ett litet gäng nere på Makerspace för att försöka igen. Jag såg ganska direkt vad vi hade gjort för fel första gången. Bakterierna från orginalprovet hade klumpat sig i botten av Eppendorf-tuben så vi hade troligen inte fått med några bakterier alls första gången. Vi gav bakterierna även längre tid på sig att uttrycka antibiotika-resistenta genen. Det löste problemet och nedan kan man se resultatet av de lysande bakterierna.

14720509_10211208214631366_7865233755866036062_n

Om man själv vill testa på att modifiera bakterier så kommer vi köra denna workshop igen nästa månad. Håll ögon och öron öppna på Facebook.