Tag Archives: Makerspace

Serie: Vägen till den klonade bakterien #1

Det finns en grej jag velat göra en längre tid i biolabbet, och nu börjar jag få tid för det. Jag vill transformera (modifiera) enkla bakterier till att producera färger. Det finns två anledningar till detta. Det första är att om jag lyckas modifiera bakterier till att producera färger så har jag satt grunden för att kunna få bakterier att även göra andra enkla saker (producera dofter, enzymer och andra proteiner). Man kommer fortfarande vara beroende av att andra har lagt ned mycket av grundjobbet för att producera dessa saker på ett eller annat sätt. Men eftersom vi i biolabbet har tillgång till dessa färdiga beståndsdelar så är det bara processen att få in dessa beståndsdelar in i cellerna och få dem att producera dem som behöver utarbetas.

Den andra anledningen till att jag vill göra det här projektet är för att det kräver att jag utvecklar protokoll, metoder och processer som är självklara i professionella labbar, men som vi inte har jobbat fram på biolabbet i Stockholm Makerspace. Det i sin tur kommer leda till att vi kan göra andra typer av experiment.

Jag tänker att det vore en bra grej att dokumentera hela den här processen här på bloggen, dels för min egen del som en logg över vad jag gjort tidigare, men även för andra att få en insyn i arbetet som krävs för att göra en sådan grej som att modifiera bakterier till att producera färger. Jag kommer avstå från att skriva tekniska och svårlästa texter, och där jag behöver använda tekniska ord kommer jag förklara vad de betyder. Det blir inga detaljerade beskrivningar om varje experiment, utan mer en berättande text. Och det blir för första gången en serie av texter. Jag kommer skriva texter i denna serie med jämna mellanrum tills målet är uppnått.

Till att börja med behövs det såklart bakterier. Det finns en rad vanligt förekommande organismer som man jobbar med i biolabbar. Den organism jag kommer jobba med är en typ av E. coli som kallas för TOP10. Detta är en art av E. coli som modifierats på flera olika sätt [PDF] för att fungera speciellt bra för experiment när man vill jobba med så kallad kloning. Kloning innebär helt enkelt att man klipper och klistrar DNA, för in DNAt in i celler och kopierar upp dem.

OBS! För att vara tydlig, detta finns olika arter av E. coli-bakterier, varav vissa är farliga och orsakar till exempel matförgiftning, men denna art som jag kommer jobba med är inte en sådan farlig art.

Men redan här börjar problemen vad gäller material och metoder. I somras drog nämligen någon ut sladden till den frys där vi bevarade alla bakterier och de initiala testerna visade att bakterierna hade dött. Bara att utföra dessa tester tog ganska lång tid. Men igår fick vi tag i en eppendorf-tube med 1 mL TOP10-celler. Det är gott och väl mer än vad som behövs för att det aldrig ska ta slut. Jag har odlat upp dessa nu. En tub celler är nu över tio stycken nya tuber med celler. Jag tyckte att det visuellt gick att avgöra att cellerna hade växt, men för säkerhetsskulle strök jag även ut lite av cellerna på en agarplatta. Om det blir ett positivt resultat på agarplatta blir nästa steg att göra många tuber med celler, sådana så kallade working stocks (WS). En WS är helt enkelt en tub med celler (eller nåt annat) som man faktiskt använder i sina experiment, och sedan odlar man upp från orginal stocken när man behöver mer. Resultat borde komma inom de närmaste dagarna.

Agarplattor

Agarplattor är geler med näring som bakterier kan växa på. Agarplattor är ofta enkla att göra själv. I biolabbet på Stockhom Makerspace gör vi dem själva.

Stockholm Makerspace i Plånboken i P1

Plånboken i P1 var på besök på Makerspace för typ en vecka sedan och fick en rundtur på spacet och jag samtalade lite med reporten om makerrörelsen och dess betydelse för att återvinna produkter.

Det är på Stockholm Makerspace som biolabbet finns så om man är intresserad av att leka med bakterier och DNA så är det hit man ska söka sig. Men det finns även svets, elektronik, laserskärare och annat kul.

Lyssna på programmet här (börjar vid 26:20)

Bra år för biohacking

Nu när vi börjar närma oss slutet på år 2016 har det blivit dags att sammanfatta året. Det är många som kallar 2016 för ett av de sämsta åren på länge, men för biohacking-rörelsen i Sverige har det varit ett bra år. Här är några av höjd-punkterna.

Biohacking-konferens. Vi höll Sveriges första biohacking-konferens i april i år som blev superlyckat. Under konferensen kunde 200 besökare lyssna på både inhemska och internationella talare berätta om alltifrån bodyhacking till DNA-analysmaskiner och cyborger.

Chipfester. Vi hade en mängd events där ännu fler människor skaffade chippen och nu känner jag mig säker på att svenskarna är de mest chippade folket per capita i världen. Vi chippade både på öppna events och stängda företag-events. Intresset är fortsatt stor för chippen och tillämpningarna börjar komma sakta men säkert. Vi jobbar på att fler ska kunna få chippen och även för fler tillämpningar. Speciellt vill vi under nästa år satsa på att nå ut till de delar av landet som inte tillhör storstadsregionerna och introducera minst en till användbar praktisk tillämpning.

Labbet. Jag skulle utan tvekan säga att biolabbet på Makerspace varit den grenen av svensk biohacking som utvecklades mest under 2016. Allt som hänt i labbet skulle kunna bli ett eget blogginlägg men här kommer istället en snabb sammanfattning: Vi var en grupp som samlades ganska direkt efter biohackingkonferensen och bestämde oss för att prova på PCR. Vi fick lite DNA från en kontakt på Stockholms universitet och började testa och testen gick bra. Under sommaren gjordes det två reportage i svensk media om biolabbet. Dels i Svenska Dagbladet och dels i SVT Rapport. Vi höll därför ett öppet hus för att alla nyfikna efter dessa reportage skulle få se labbet och det dök upp runt 40-50 personer mitt i juli under den initiala Pokémon Go hajpen. Under hösten genomförde vi en workshop-serie i tre delar som del i ett samarbete med iGEM Stockholm där deltagarna under tre workshops fick lära sig att pipettera, tekniker för att odla bakterier och till slut även försöka modifiera bakterier till att börja fluorescera. Vi lyckades inte få fluorescerande bakterier vi det tillfället, men vi lyckades vid ett annat tillfälle när vi testade själva. Strax efter det lyckade försöket lyckades en av medlemmarna även med att analysera en gen med PCR-tekniken. Efter det körde vi workshop-serien ytterligare vid ett tillfälle och är inne på den tredje omgången nu.

Till nästa år planerar vi att köra en CRISPR-workshop, en PCR-workshop och vi kommer även starta upp ett riktigt projekt.

Oavsett projekt känns det som att rörelsen i Sverige börjar få upp bra momentum nu. Vilket betyder att nästa år kommer bli riktigt bra på sätt som jag inte kan föreställa mig eller vill spekulera i. Men om man är intresserad av att följa med i rörelsens utveckling så rekommenderar jag följande sociala medier: Chipster på Facebook, Stockholm Makerspace biolabbet-gruppen på Facebook och nystartade Biohacking.se på Facebook för generella nyhetsuppdateringar kring biohacking-rörelsen. Jag startar en Facebook-sida för biohacking.se för det kommer så många intressanta nyheter ur den här globala rörelsen varje vecka men som inte når tillräckligt många i Sverige eftersom det inte finns bra sätt att sprida nyheterna. Så om du vill hålla dig uppdaterad ska du följa den sidan. Jag får dock flagga för att i skrivande stund är den Facebooksidan fortfarande i uppstartsfasen och är väldigt tom just nu.

Vi syns och hörs på andra sidan året till det året som förhoppningsvis blir ännu bättre än vad det här året var.

Labbets status under våren

Under början av året gav jag ett löfte att satsa mer på biolabbet som finns på Stockholm Makerspace. Sedan dess har jag samlat ett par personer som visat stort intresse att driva projekt aktivt i labbet så att vi gemensamt kan jobba på att gå igång verksamheten i labbet. Målet är att få genomföra en PCR-analys. Vi har hittills träffats två gånger i labbet. Den första gången gick vi genom hur PCR funkar och vi listade ett par projekt som vi möjligen skulle kunna genomföra. Andra gången bestämde vi oss för att genomföra ett test av en gen som bestämmer om man kan känna av den bittra smaken som kallas för PTC och vi röjde undan mycket skräp som låg i labbet.

2016-04-13 21.51.35

Vi bestämde även att vi den 5e maj ska genomföra ett testförsök av utrustningen för att se om de funkar. För det testet kommer vi få plasmid-DNA och primers av en kontakt på Stockholms universitet. På det sättet slipper vi steget med att extrahera DNA. Då vet vi säkert att det åtminstone finns DNA i provet om det blir nåt problem med resultatet.

Så just nu pågår förberedelser inför 5e maj. DNA och plasmider ska hämtas från SU, protokollet för analysen ska färdigställas, skräp måste slängas, eventuellt måste en våg köpas in osv. Om man vill hjälpa till med att gå igång labbet kan man börja med att börja följa biolabbets Facebook-grupp som vi använder för att kommunicera på, eller så kan man kontakt mig för mer information.

Bionyfiken har en lokal nu

Nu är det klart! Bionyfiken har fixat en lokal där vi kommer ha vårt labb. Det hela är ett samarbete med Stockholm Makerspace. I och med att Makerspace bestämt att de ska flytta till det nya innovationshuset THINGS på KTHs campus på Valhallavägen öppnades möjligheten för Bionyfiken att bokstavligt vara med i ett hörn. Bionyfiken har kommit överens med Makerspace att få använda ett av rummen på cirka 35 kvadratmeter som labb.

Meningen med THINGS-huset är att startup-företag med inriktning på hårdvara ska sitta där och jobba. Bland annat sitter det heta startup företaget Volumental redan där, och flera stora företag som Electrolux och Assa Abloy är med och finansierar innovationshuset. Huset består av ett antal våningar, men medan startupen ockuperar de övre våningarna kommer Makerspace och Bionyfiken att sitta i källarvåningen. Vi börjar nerifrån och jobbar oss upp. Däremot finns det gemensamma utrymmen för alla i huset där man kommer mötas, prata, konspirera, innovera och bygga. Bilden nedan är en planritning över källarvåningen.

10662107_786961304714666_5721881642714464977_o

De gröna områdena tillhör Makerspace, de blåa områdena är skyddsrum och jag vet inte om Makerspace har fått ta dessa också. De röda områdena är funktionsytor som t.ex. värme, vatten o.s.v för hela huset och de kommer vi aldrig att få tillgång till. Sen har vi det lilla gula området nere till höger som alltså är Bionyfikens precis lagom stora labb (enda rummet på källarvåningen som har fönster). Officiell inflyttningsdatum är första april, men källarvåning står tomt och det finns goda chanser att vi får tillgång till rummet ganska snart. Och vi har redan en del labbutrustning att ställa där inne. Under våren och framåt kommer vi utveckla metoder för att PCR-analyser där och vi kommer även jobba för att bygga ett labb där vi kan hålla på med syntetisk biologi. Och med tanke på den koncentration av 3D-printers som finns i byggnaden skulle jag inte bli förvånad om ett av våra kommande projekt kommer vara en (3D-)bioprinter.

Nu gäller det att få tillgång till lokalen. Städa ur den ordentligt och börja hitta och fylla den med labbutrustning. För den som är intresserad av att hjälpa till kommer mer information troligen komma inom kort.