Category Archives: Stockholm Makerspace

Serie: Vägen till den klonade bakterien #1

Det finns en grej jag velat göra en längre tid i biolabbet, och nu börjar jag få tid för det. Jag vill transformera (modifiera) enkla bakterier till att producera färger. Det finns två anledningar till detta. Det första är att om jag lyckas modifiera bakterier till att producera färger så har jag satt grunden för att kunna få bakterier att även göra andra enkla saker (producera dofter, enzymer och andra proteiner). Man kommer fortfarande vara beroende av att andra har lagt ned mycket av grundjobbet för att producera dessa saker på ett eller annat sätt. Men eftersom vi i biolabbet har tillgång till dessa färdiga beståndsdelar så är det bara processen att få in dessa beståndsdelar in i cellerna och få dem att producera dem som behöver utarbetas.

Den andra anledningen till att jag vill göra det här projektet är för att det kräver att jag utvecklar protokoll, metoder och processer som är självklara i professionella labbar, men som vi inte har jobbat fram på biolabbet i Stockholm Makerspace. Det i sin tur kommer leda till att vi kan göra andra typer av experiment.

Jag tänker att det vore en bra grej att dokumentera hela den här processen här på bloggen, dels för min egen del som en logg över vad jag gjort tidigare, men även för andra att få en insyn i arbetet som krävs för att göra en sådan grej som att modifiera bakterier till att producera färger. Jag kommer avstå från att skriva tekniska och svårlästa texter, och där jag behöver använda tekniska ord kommer jag förklara vad de betyder. Det blir inga detaljerade beskrivningar om varje experiment, utan mer en berättande text. Och det blir för första gången en serie av texter. Jag kommer skriva texter i denna serie med jämna mellanrum tills målet är uppnått.

Till att börja med behövs det såklart bakterier. Det finns en rad vanligt förekommande organismer som man jobbar med i biolabbar. Den organism jag kommer jobba med är en typ av E. coli som kallas för TOP10. Detta är en art av E. coli som modifierats på flera olika sätt [PDF] för att fungera speciellt bra för experiment när man vill jobba med så kallad kloning. Kloning innebär helt enkelt att man klipper och klistrar DNA, för in DNAt in i celler och kopierar upp dem.

OBS! För att vara tydlig, detta finns olika arter av E. coli-bakterier, varav vissa är farliga och orsakar till exempel matförgiftning, men denna art som jag kommer jobba med är inte en sådan farlig art.

Men redan här börjar problemen vad gäller material och metoder. I somras drog nämligen någon ut sladden till den frys där vi bevarade alla bakterier och de initiala testerna visade att bakterierna hade dött. Bara att utföra dessa tester tog ganska lång tid. Men igår fick vi tag i en eppendorf-tube med 1 mL TOP10-celler. Det är gott och väl mer än vad som behövs för att det aldrig ska ta slut. Jag har odlat upp dessa nu. En tub celler är nu över tio stycken nya tuber med celler. Jag tyckte att det visuellt gick att avgöra att cellerna hade växt, men för säkerhetsskulle strök jag även ut lite av cellerna på en agarplatta. Om det blir ett positivt resultat på agarplatta blir nästa steg att göra många tuber med celler, sådana så kallade working stocks (WS). En WS är helt enkelt en tub med celler (eller nåt annat) som man faktiskt använder i sina experiment, och sedan odlar man upp från orginal stocken när man behöver mer. Resultat borde komma inom de närmaste dagarna.

Agarplattor

Agarplattor är geler med näring som bakterier kan växa på. Agarplattor är ofta enkla att göra själv. I biolabbet på Stockhom Makerspace gör vi dem själva.

Sammanfattning av vårens biohackinghändelser

Här kommer en sammanfattning av det viktigaste som hände i biohackingsfären under våren 2017. Det hände mer under våren 2017 än jag egentligen hann skriva om här och därför startade jag en Facebooksida där tanken är att jag frekvent postar nyheter och intressanta artiklar, reportage o.s.v om biohacking och andra spännande teknikområden som bioteknik.

En av årets mest spännande nyheter kom tidigt i år när sekvenseringsbolaget Illumina meddelade att de har byggt en maskin som en dag kommer kunna sekvensera ett helt genom för $100 (dagens pris för ett helt genom ligger på cirka $1000). Det kommer öppna för möjligheter som vi idag inte ens kan föreställa oss men ett är att det det en dag kommer bli lika vanligt att ge ett DNA-prov när man är på vårdcentralen som det idag är att ge blod.

Vetenskapensvärld sände flera reportage om tDCS och relaterande tekniker. Personligen syns jag lite här och var i detta reportage. Även om det går väldigt sakta så finns det fortfarande i planerna att bygga och sälja en tDCS som många av er har efterfrågat. Man kan anmäla sitt intresse här.

Chippen fick ett rejält uppsving när SJ meddelade att de experimenterade med att låta resenärer använda chippet för att lagra sin biljett. Det är dock bara i teststadiet fortfarande och rapportern från chippade som försökt använda sitt chip som biljett är generellt att det inte funkar speciellt bra av olika anledningar. Men om man vill testa kan man läsa denna guide för hur man lägger sin tågbiljett till chippet. Om man vill ha ett chip kan man anmäla intresse här. Vi kommer öka antalet chip-events under hösten.

Vad gäller biolabbet i Stockholm Makerspace låg verksamheten i stort sett nere under detta halvår eftersom jag medverkar i tävlingen i syntetiska biologi som kallas för iGEM (internationally Genetically Engineered Machine) och tanken är att använda kunskaperna jag får ut senare av tävlingen i Makerspace senare i höst där planen är att kunna erbjuda en hel kurs i syntetisk biologi.

För övrigt är tanken att hålla fler events med början under hösten då vi vet att många har efterfrågar events. Det har varit lite för svårt att organisera hittills men till hösten ska vi ha löst det mesta för att kunna börja arrangera riktiga meetups. Har ni förslag på teman för meetupsen, talare eller annat så skicka gärna ett mail.

Stockholm Makerspace i Plånboken i P1

Plånboken i P1 var på besök på Makerspace för typ en vecka sedan och fick en rundtur på spacet och jag samtalade lite med reporten om makerrörelsen och dess betydelse för att återvinna produkter.

Det är på Stockholm Makerspace som biolabbet finns så om man är intresserad av att leka med bakterier och DNA så är det hit man ska söka sig. Men det finns även svets, elektronik, laserskärare och annat kul.

Lyssna på programmet här (börjar vid 26:20)

Medverkade i Stockholm Hardwares podcast

Stockholm har en stor och aktiv community inom hårdvara, där Stockholm Makerspace är den ideella föreningen för gräsrotsrörelsen. Det finns även en meetup som går under namnet Stockholm Hardware som arrangeras av ett gäng hårdvaruentusiaster en gång i månaden. Nyligen startade de en podcast och jag fick förmånen av att vara bland de första som intervjuades i denna podcast om biohacking och hårdvara. Lyssna här.

För er som är intresserade av Stockholm Hardware rekommenderar jag följande:

Stockholm Hardware på Meetup.com
Stockholm Hardware på Facebook
Stockholm Hardware på Twitter

Nya workshops i biolabbet!

Under november kör vi vår workshops-serie igen. Det blir tre stycken. Den första lägger den viktigaste grunden, vilket är att kunna hantera en pipett. I den andra workshopen lär man sig hur bakterier odlas och olika tekniker för att ta prover från olika ytor och i den tredje visar vi hur man får bakterier att börja lysa. Igår lyckades vi också genomföra en komplett analys av en gen som vi människor har som hjälper oss att känna vissa bittra smaker. En workshop i hur man analyserar DNA kommer därför också komma snart. Vi har också börjat planera för en workshop i den nya spännande tekniken som kallas för CRISPR. Vill man få bakterier att lysa, lära sig analysera DNA eller gå på CRISPR-workshopen behöver man åtminstone ha gjort första workshopen. Så signa upp er om ni vill göra dessa!

Nedan finns mer information om datum, tider och hur man anmäler sig. Observera att du behöver vara medlem i Stockhom Makerspace för att kunna göra workshopsen.

Workshops 1: Pipettering
Datum: 12e november, kl 13:00 – 15:00
Anmälan här.

Workshop 2: Odling av bakterier
Datum: 13e novmber, kl 13:00 – 15:00
Anmälan här.

Workshop 3: Lysande bakterier
Datum: 26e november, kl 10:00 – 15:00
Anmälan här.

petri

Vi skapade bakterier som lyser!

Dåså! Vi har länge pratat om det. Nu äntligen lyckades vi modifiera DNAt för E.coli-bakterier så att bakterierna började lysa!

Vi sa för flera månader sen att vi skulle göra det här experimentet i samarbete med iGEM Stockholm under en workshop. Denna workshop höll vi i söndags förrförra veckan (16e oktober). Tyvärr lyckades vi inte få några lysande bakterier då. Men i söndags förra veckan (23e oktober) var vi ett litet gäng nere på Makerspace för att försöka igen. Jag såg ganska direkt vad vi hade gjort för fel första gången. Bakterierna från orginalprovet hade klumpat sig i botten av Eppendorf-tuben så vi hade troligen inte fått med några bakterier alls första gången. Vi gav bakterierna även längre tid på sig att uttrycka antibiotika-resistenta genen. Det löste problemet och nedan kan man se resultatet av de lysande bakterierna.

14720509_10211208214631366_7865233755866036062_n

Om man själv vill testa på att modifiera bakterier så kommer vi köra denna workshop igen nästa månad. Håll ögon och öron öppna på Facebook.

SVT-reportage om biolabbet

För några dagar sen var SVTs Rapport hos oss på Makerspace och gjorde ett reportage om biohacking. Inslaget finns att se här men för er som besöker den här sidan för att ni sett reportaget och söker mer information så har jag samlat några nyttiga länkar här nedan:

Stockholm Makerspace [Facebook] – Föreningen där labbet ligger.

Chipster.nu [Facebook] – För de som är intresserade av chippen som man sätter in i handen. Om du vill ha ett anmäl dig på chipster.nu. Eller bara läs mer om chippet.

Bionyfiken [Facebook] – En förening som jag varit med och startat helt och hållet dedikerat till biohacking.

För övrigt planerar vi ett par workshops för de som vill lära sig att labba. Du kan anmäla ditt intresse här så skickar vi mer information när vi spikat datumen. De första workshopen bör vi kunna ge under augusti. Dessa workshops ger Stockhom Makerspace i samarbete med iGEM Stockholm.

Det går självklart också bra att maila mig på hej@biohacking.se om man inte hittar den informationen man behöver.

Öppet hus för biolabbet på Makerspace

Med tanke på hur bra det har gått senaste tiden med biolabbet och hur mycket vi har planerat inför hösten tänkte vi att vi har ett öppet hus för biolabbet, mitt i juli!

Den 20e juli är alla välkomna till Stockholm Makerspace där ni får se biolabbet, testa på enkla tekniker, se vad vi har gjort senaste tiden och få mer information inför hösten. Om ni vill komma eller är intresserade av att komma så finns det mer information i detta Facebook-event där man gärna får anmäla om man kommer så vi får en uppskattning av hur många som möjligen kommer dyka upp.

Datum: 20 juli
Tid: 16.00-18.00
Adress: Drottning Kristinas väg 53

Glöm inte crowdfunding-kampanjen för iGEM! Workshopen under hösten hade inte varit möjliga utan dem!

Artikel i Svenska Dagbladet om biolabbet

Som jag skrivit tidigare har vi varit väldigt aktiva i biolabbet de senaste månaderna och haft en del framgångar. För några veckor sen var en journalist på besök och intervjuade mig och en annan medlem om biolabbet och biohacking. Artikel går att läsa här. Det är en bra artikel. Det ger en korrekt bild av biolabbet och rörelsen från vårt perspektiv. Och för den andra sidan så har de bjudit in till några kritiska röster. Som jag inte tycker är så kritiska. Men här är ett litet försök till bemötande.

Jenny Grönberg Hernandez, doktor i immunologi säger “Alla kan lära sig utföra molekylärbiologiska experiment, utmaningen ligger i att tolka resultaten /…/ För at få ett korrekt resultat, och inte bara ett bevis på att metoden fungerar, krävs det att man har en molekylärbiologisk bakgrund.”

Jag förstår tankegången men man behöver förstå att vi försöker inte bota cancer. Vi försöker få bakterier att lukta banan, bara för kul. Sedan så har väldigt många av oss utbildning och erfarenhet av att jobba med molekylärbiologi och vi har även ett nätverk med professionella forskare som stöttar vårt arbete. Det här projektet hade inte varit möjligt utan deras hjälp. Man får inte heller glömma att man faktiskt kan lära sig saker även om man inte lär sig via universitetsutbildning. Vi har också en styrka i att vi har sådana olika bakgrunder. Väldigt värdefullt att ha tillgång till folk som är experter på 3D-printing eller är duktiga kodare. Sånt har professionella forskare inte alltid tillgång till.

Roger Roffey, Totalförsvarets forskningsinstitut säger “Hittills har man inte sett att de håller på med något som kan vara skadligt. Den största faran är att de skadar sig själva när de håller på med kemikalier.”

Vi håller inte på med kemikalier 🙂 Ytterst sällan i alla fall och när vi väl “håller på med kemikalier” så väljer vi de som är säkrast för miljön, människor och djur. Om vi inte kan hitta sådana alternativ låter vi bli. Som det står i huvudartikeln har vi för avsikt att följa lagar, regler och praxis.

Katarina Eskils, mikrobiolog på Arbetsmiljöverket med tillsynsansvar säger “Precis som med alla GMM-verksamheter kan vi inspektera att de gör det som de har angett att de ska göra”.

Katarina är en av experterna som jag har varit i personlig kontakt med och vi har i föreningen länge pratat om att bjuda in myndighetsfolk så de är välkomna 🙂

Kjell Asplund, ordförande i Statens medicinsk-etiska råd säger “Oavsett vad testet gäller, är det viktigt att i förväg tänka igenom vad resultatet kan innebära. Problemet är att man sällan får full information om vad man ger sig in på när det inte sker inom vården”.

Jag har även varit i kontakt med Kjell och när jag frågade honom om det vi planerade att göra i biolabbet kunde vara av intresse för SMER så verkade han inte speciellt intresserad. Men i vilket fall som helst så är vi medvetna om de etiska frågorna och vi kommer se till att folk som vill ta reda på information om sig själva också är medvetna om dessa frågor. Sen så vet jag inte riktigt om jag kan hålla med om att man verkligen får full information när man vill testa sig via vården. Det finns fall där folk sökt sig till oss just för att de känt att de inte fått tillräckligt med information via vården och nåt jag själv också känt när jag själv varit i kontakt med vården.

Men jag ska ta tag i det på riktigt nu och fixa ett tillfälle där vi bjuder in experter så de kan kolla själva vad vi egentligen håller på med.

Så här kan du hjälpa utveckla svensk biohacking

I år kommer det bli ett fantastisk år för biolabbet. Vi har lyckats bekräfta att vår PCR-maskin fungerar och vi håller på att planera för en massa workshops. Vi kommer ha workshops där vi går igenom grundläggande labbteknik som pipettering och odling av bakterier. Sedan kommer vi ha mer avancerade workshops där vi visar hur man kan modifiera bakterier till att självlysa. Att vi kommer kunna ha dessa workshops redan under hösten är tack vare att Makerspace samarbetar med Stockholms laget i iGEM-tävligen. De planerar dessa workshops i detalj åt oss, bidrar med material och hjälper till med genomförande.

iGEM är en tävling där studentlag från hela världen tävlar i syntetisk biologi. Tävlingen går ut på att bygga nya biologiska system och Stockholms lagets projekt går ut på att få sår som inte läker att läka med hjälp av spindelnät! Se videon nedan för en presentation av deras projekt. Men för att kunna färdigställa sitt projekt behöver de samla in lite pengar som de gör genom en crowdfunding-kampanj. Om du är intresserad av att gå någon av dessa workshops, tycker att syntetisk biologi är spännande eller ser ett värde i biohacking se då till att donera några slantar i deras crowdfunding-kampanj!