Tag Archives: PCR

Genombrott i labbet!

Sen biohackingkonferensen har jag samlat en grupp personer som visat extra mycket intresse för labbet och vi träffas med jämna mellanrum och försöker kickstarta verksamheten i labbet. Första gången vi träffades för att labba på riktigt var på Kristihimmelsfärdsdagen då vi försökte genomföra hela processen med att analysera DNA med PCR-tekniken. Målet var att testa om utrustningen fungerade. För att göra detta bestämde vi oss för att strunta i de första stegen med att designa primers och extrahera DNA. Jag bad en kontakt på Stockholms universitet om vi kunde få lite bakterie-DNA och primers och det var inga problem. Vi fick lite leftover plasmider med tillhörande primers. Vi satte igång med att använda PCR-maskinen för att kopiera upp plasmiderna. Vi kom till sista steget som är elektroforessteget innan jag insåg att vi saknade den DNA-färg som krävs för att kunna genomföra det steget.

En jakt började för att få tag i denna typ av färg, som inte är helt lätt att få tag i om man är ett biohackerlabb i Sverige då priset är riktigt saftigt. Jag skrev upp Makerspace som kund på bioteknikföretaget VWR för de hade det billigaste priset. Den processen i sig tog nästan två veckor. Men precis innan jag skulle köpa in färgen kom jag i kontakt med en forskare på Örebro-universitet och efter lite diskussioner erbjöd han sig att skicka exakt den färgen vi behövde, och helt gratis för oss på Makerspace! Väldigt hyggligt! Jag måste säga att stödet vi har fått från enskilda forskare på svenska universitet har varit fantastiskt och helt ovärderligt.

2016-05-25 19.10.27

Paketet tog jag med mig (under kylning!) till Makerspace och vi träffades på nytt på nationaldagen för att fortsätta testet, bara för att inse att färgen vi hade fått inte var anpassat för vanlig PCR. Den var anpassad för det som kallas för RT-PCR, vilket jag visste från början. Det jag inte visste var att man använder olika koncentrationer av färgen för PCR respektive för RT-PCR. För RT-PCR används en 10x-koncentration och för PCR används en 10,000x-koncentration. Stor skillnad. Det hade inte gått att anpassa 10x-koncentrationen för vårt syfte genom att blanda det med gelen som man ofta gör. Men idén dök upp att blanda 10x-koncentrationen med proverna innan de sattes på gelen. Enligt instruktionerna skulle det funka att göra det på det sättet så vi bestämde oss för att testa den vägen. Vi mixade ihop allting och slängde upp (in?) proverna på gelen.

2016-06-06 12.28.47

Tjugo minuter senare kunde vi se resultatet på transilluminatorn. Det lyckades! Plasmiderna hade kopierats upp och proverna hade färgats trots att vi inte hade rätt koncentration. På bilden nedan är de ljusgröna kvadraten DNAt som kopierats upp. De med bra kunskaper och erfarenhet av PCR kan se att stegen till vänster inte har fått rätt upplösning och det är en grej vi får jobba på att lösa. Det viktiga just denna gång var att visa att PCR-maskinen fungerar och att SYBR Green (som färgen heter) fungerar med blått ljus. Vilket vi också gjorde. Som ett plus vet vi nu också att vi kan förfärga proverna innan de sätts på gelen.

2016-06-06 13.09.32

Slutsatserna av allt det här arbetet är att den grundläggande tekniken för att analysera DNA nu finns på Stockholm Makerspace och fungerar! Nästa steg blir att justera resultaten och få rätt upplösning på stegen. Parallellt måste vi hitta en metod för att extrahera DNA, designa primers och hitta någonstans att beställa från. Efter det kan vi börja jobba med andra organismers DNA.

Labbets status under våren

Under början av året gav jag ett löfte att satsa mer på biolabbet som finns på Stockholm Makerspace. Sedan dess har jag samlat ett par personer som visat stort intresse att driva projekt aktivt i labbet så att vi gemensamt kan jobba på att gå igång verksamheten i labbet. Målet är att få genomföra en PCR-analys. Vi har hittills träffats två gånger i labbet. Den första gången gick vi genom hur PCR funkar och vi listade ett par projekt som vi möjligen skulle kunna genomföra. Andra gången bestämde vi oss för att genomföra ett test av en gen som bestämmer om man kan känna av den bittra smaken som kallas för PTC och vi röjde undan mycket skräp som låg i labbet.

2016-04-13 21.51.35

Vi bestämde även att vi den 5e maj ska genomföra ett testförsök av utrustningen för att se om de funkar. För det testet kommer vi få plasmid-DNA och primers av en kontakt på Stockholms universitet. På det sättet slipper vi steget med att extrahera DNA. Då vet vi säkert att det åtminstone finns DNA i provet om det blir nåt problem med resultatet.

Så just nu pågår förberedelser inför 5e maj. DNA och plasmider ska hämtas från SU, protokollet för analysen ska färdigställas, skräp måste slängas, eventuellt måste en våg köpas in osv. Om man vill hjälpa till med att gå igång labbet kan man börja med att börja följa biolabbets Facebook-grupp som vi använder för att kommunicera på, eller så kan man kontakt mig för mer information.

Missa inte invigningen av Stockholm Makerspace

Då har tiden äntligen kommit. På tisdag är det invigning av Stockholm Makerspace. Vi börjar kl 17.00 och håller på till 20.00. Förutom att kolla in lokalerna kommer det även finnas möjlighet att testa på lite olika saker i de olika delarna av spacet. För biolabbet jobbar jag stenhårt för att kunna göra en riktig demo av PCR-maskinen under invigningen. Vill du se denna demo ska du komma till invigningen kl 19.00. Jag har nämligen lyckats dubbelboka mig på två olika event på tisdag och kommer springa mellan eventen. Kl 19.00 kommer jag i alla fall komma tillbaka till Makerspace och kan du utföra en demo. Det kommer vara ett smakprov av vad vi kommer göra under PCR-workshopen. Om du är intresserad av att komma får du gärna anmäla dig på meetup.com eller Facebook så vi har lite koll på antalet personer som kan dyka upp.

P.S Och om du inte tycker att det här anledning nog för att besöka oss så kan jag meddela att vi har också en laserskärare nu. Pew pew! 🙂

Laserskärare

Nytt år med nya events

Dags att dra igång igen efter julledigheten. Det kommer bli ett lika eventfullt vår som det var under hösten. Troligen blir det fler events under våren. Vi kommer ha de nu vanligt återkommande chipningseventen (redan en inplanerat i Göteborg), vi kommer ha meetups och projekt för de som är intresserade biologi och vi kommer ha en del meetups kring nevrovetenskapliga ämnen såsom tDCS, TMS och andra förkortningar. Vi kommer även ha en del allmänna pubträffar där vi bara träffas, pratar, diskuterar och umgås.

Formen för träffarna som berör molekylärbiologi, såsom PCR och bioluminiscens kommer förändras i år jämfört med förra. Eftersom projekten som kräver dessa tekniken tar ett par månader att utveckla kommer vi köra återkommande meetups på ämnen PCR och bioluminiscens under hela våren. Det kommer alltså bli minst en meetup per månad för PCR respektive en för bioluminiscens. Tanken är att vi bestämmer oss för ett gemensamt projekt som vi samarbetar på och vi använder internet som kommunikationsverktyg, men vi träffas också en gång i månaden under öppna former för att presentera våra delresultat och jobba med de fysiska grejerna. Mer information och kalender kommer komma snart.

Just nu finns det redan två inplanerade träffar. Det första är en planerings- och hängträff i Stockholm där det är tänkt att vi ska prata om den närmaste framtiden och bara hänga. För mer information se meetupgruppen här och anmäl dig. Det andra är ett event på fredag den 16:e i Göteborg för de som vill chippa sig. Mer information om detta event finns här.

Söker efter en PCR-maskin

Det har varit lite tyst här på bloggen, men det är inte för att vi sitter och är passiva, det är för att vi håller på att planera inför hösten. Vi kommer finnas på en del konferenser, möten och events. Jag kommer säkert återkomma till vilka dessa är i ett senare inlägg. Men vi har också ytterligare fyra workshops som vi planerar att hålla under hösten. Håll koll på vår Meetup-grupp om du är intresserad av att delta på dessa (nästa är på söndag den 28:de september).

Senare under hösten ska jag hålla i en till workshop och lägger just nu nästan all min fritid på att få alla pusselbitar att falla på plats för att kunna genomföra workshopen. Om någon efter den workshopen skulle kalla det för att skriva svensk historia skulle jag inte bli förvånad 🙂 Men för att kunna genomföra den workshopen behöver jag en PCR-maskin. Det finns inte tillräckligt med tid för att bygga en och inte tillräckligt med pengar för att köpa en openPCR. Så om någon som jobbar på ett teknisk högskola eller på ett life science-företag läser det här och har en gammal maskin ståendes i förrådet som bara samlar damm så får ni gärna skänka det till ett gott ändamål. Konktakta mig i så fall på hej@biohacking.se.