Tag Archives: nukleas

Hur man sparar DNA över längre perioder

Det är en sak att extrahera DNA. Men hur gör man sen om man vill spara DNA:t över en längre period på kanske flera år? För det första är DNA-molekylen uppbyggt på ett visst sätt som gör hela molekylen relativt stabil, vilket självklart är viktigt eftersom DNA-molekylen bär på information som inte ska förändras under en livstid. Men det finns ändå många situationer och miljöer som innebär att DNA ändras eller bryts ned. I labbmiljö finns det främst två situationer som kan bryta ned DNA-molekylen och som man måste hantera för att kunna spara DNA undra längre perioder.

I det första fallet bryts DNA-strängen ned av en grupp enzymer som kallas för nukleaser. Nukleaser har till uppgift att bryta ned DNA-strängar och de finns naturligt i bakterie-, djur-, och växtceller där de fungerar som en försvarsmekanism för att bryta ned främmande DNA-strängar som tagit sig in i cellen, men bryter inte ned cellens egna DNA. Men när man slagit sönder celler så att cellernas innehåll hamnar i en enda röra kan dessa enzymer börja attackera och bryta sönder vilka DNA-strängar som helst.

I det andra fallet handlar det om att DNA-strängen bryts ned av att vattnet man använder i extraheringsprocessen är så rent att det är lite surt, och surt vatten bryter ned DNA-molekyler. Även om vattnet inte är surt så kommer koldioxidmängden över tid att öka i vattnet, vilket leder till en försurning av vattnet (samma  process som under den globala uppvärmningen lett till försurade hav).

I professionella labbar finns det en internationellt accepterad rutin för hur DNA ska lagras. I stort sett för alla tidsperioder handlar det om att förvara DNA:t i såkallad TE-buffer och sedan ställa det in i kylen vid 4 °C, om man tänker använda DNA:t ofta (varje vecka eller månad). Om man inte har tänkt använda DNA:t ganska omedelbart efter extraheringen och under ganska lång tid framåt (ett par månader till nåt år) så fryser man ner det (i TE-buffer) till -20 °C. Om man inte har tänkt använda DNA:t på flera år fryser man ned det i TE-buffer till -80 °C.

Anledningen till att man använder TE-buffer är för att denna buffer innehåller två komponenter som löser de två problemen där DNA bryts ned. Buffern är dels basisk och dels innehåller den EDTA som inaktiverar nukleasenzymer. Att man sedan lagrar DNA:t i ned till -80 °C är ett extra skydd mot nedbrytningen då nukleasenzymer blir inaktiva vid ungefär 4 °C.

Problemet när man ska lagra DNA hemma är att det är väldigt svårt att få tag på Tris och EDTA som är komponenterna till TE-buffer. Jag vet inte ens om privatpersoner får köpa eller inneha EDTA i Sverige eftersom det ämnet är svårnedbrytbart i naturen. I vilket fall som helst är TE-buffer till för proffsen och de seriösa projekten. Som hobbyister och som en rörelse som ska göra bioteknik mer tillgängligt för vanliga människor är vi ute efter förenklingar och alternativa ämnen där de är möjliga. Superprecision är kanske inte det främsta målet i varje steg i varje projekt. I detta fall vill vi lagra DNA under en längre period. Vi vet att enzymet blir inaktivt vid ungefär 4 °C och nedbrytningen av DNA på grund av surt vatten blir också mindre av att vi fryser och stänger in DNA-lösningen. Det vi helt enkelt kan göra är att frysa ned DNAt i -20 °C i vatten, utan att tillsätta TE-buffer och stänga in det i en behållare. Det är något man helt klart kan uppnå hemma (till skillnad från att frysa ned till -80 °C) Jag vet inte exakt hur länge DNA kan hålla i vatten nedfruset till -20 °C och det verkar vara delade meningar om hur länge det håller. Men att det kommer hålla en längre tid (år) borde vara möjligt.

Om någon vet mer om hur man som hobbybiohackare kan lagra DNA en längre tid eller vet om man kan lagra DNA i vatten nedfryst till -20 °C utan problem så berätta gärna nedan i kommentarerna.