Vi skapade bakterier som lyser!

Dåså! Vi har länge pratat om det. Nu äntligen lyckades vi modifiera DNAt för E.coli-bakterier så att bakterierna började lysa!

Vi sa för flera månader sen att vi skulle göra det här experimentet i samarbete med iGEM Stockholm under en workshop. Denna workshop höll vi i söndags förrförra veckan (16e oktober). Tyvärr lyckades vi inte få några lysande bakterier då. Men i söndags förra veckan (23e oktober) var vi ett litet gäng nere på Makerspace för att försöka igen. Jag såg ganska direkt vad vi hade gjort för fel första gången. Bakterierna från orginalprovet hade klumpat sig i botten av Eppendorf-tuben så vi hade troligen inte fått med några bakterier alls första gången. Vi gav bakterierna även längre tid på sig att uttrycka antibiotika-resistenta genen. Det löste problemet och nedan kan man se resultatet av de lysande bakterierna.

14720509_10211208214631366_7865233755866036062_n

Om man själv vill testa på att modifiera bakterier så kommer vi köra denna workshop igen nästa månad. Håll ögon och öron öppna på Facebook.

Dags att anmäla sig till workshops i biolabbet

Det har tagit en lång tid att komma hit. Resa har varit lång. För mig började den till och med innan vi startade Bionyfiken. Men de senaste två åren har vi jobbat hårt. Tack vare Stockholm Makerspace lyckades vi bygga upp Sveriges första öppna biolabb och nu kan vi tack vare samarbetet med iGEM Stockholm börja lära människor grundläggande labbteknik. Det här är början på en ny fas. Saker kommer definitivt bli mycket mer intressanta från och med nu.

Vi har i flera månader jobbat med iGEM Stockholm för att kunna ge en uppsättning workshops där vi lär ut grunderna för olika vanliga tekniker som man använder i biolabbar. Det är tre olika workshops och vi vill att man gör de två första för att man ska få göra den tredje. Och det är helt enkelt för att den tredje är lite mer avancerad och de två första lägger grunderna för den tredje.

Nedan följer information man behöver veta för att kunna vara med på workshopen och beskrivning av varje workshop.

  • Man måste vara medlem på Stockholm Makerspace för att kunna gå workshopen. Det är en avgift på 200 kr per år. Man kan betala avgiften och bli medlem här.
  • Man måste vara 16 år för att bli medlem på Stockholm Makerspace och för att få gå på dessa workshops.
  • Det tillkommer en avgift på mellan 100-200 kr för varje workshop. Denna avgift går uteslutande till inköp av material och utrustning som behövs för workshopen
  • För de två första workshopen kan man välja om man vill göra dem på förmiddagen eller på eftermiddagen. Så dubbelkolla vilken tid du bokar.
  • För att göra den tredje workshopen måste man ha gjort de två första.

Pipettering och mikroskopi.
Datum för workshop: 2a oktober
Anmälan: Kl 10-13 eller kl 14-17.
Avgift: 100kr
Antal platser: 32 stycken

Pipettering är nåt man gör hela tiden i ett biolabb. Det är inte speciellt svårt men man behöver ha gjort det ett par gånger för att få en känsla för det. Det finns också en del olika saker att tänka på vid olika situationer. En biohackare behöver kunna hantera sin pipett som en snickare hanterar sin hammare. Deltagarna får testa på att pipettera karamellfärg i serier dels för att få känsla för pipettering och dels lära sig seriespäda. En spektrofotometer används för att bekräfta resultaten.

Mikroskopet är ett landmärke inom bioteknik. Även om det gamla klassiska ljusmikroskop inte används så mycket längre inom forskning kan man fortfarande använda dem för enkel karakterisering av biologiska mikrostrukturer så som bakterier.

Det blir även en teoretisk introduktion och en genomgång av säkerhet i labbet.

Odla bakterier
Datum för workshop: 9e oktober
Anmälan: Kl 10-13 eller 14-17.
Avgift: 200 kr
Antal platser: 32 stycken

Bakterier är bioteknikens arbetshästar eller dess mikroprocessorer om man så vill. När man vet vad man vill göra använder man ofta bakterier för att få jobbet gjort. Det är därför viktigt att kunna odla bakterier så effektivt som möjligt och det finns en del tekniker för att få jobbet gjort. I den här workshopen får deltagarna gå ut och ta sina egna prover från naturen. Sedan odlar man dessa på egen förberedd näringslösning. Det kommer finnas möjlighet att kommta tillbaka dagen efter för att kolla på resultaten. Annars postar vi bilder av resultaten på internet. Teori ingår såklart.

Programmera lysande bakterier
Datum för workshop: 16e oktober
Anmälan: Kommer senare
Avgift: Kommer senare
Antal Kommer senare
Övrigt: De två första workshopen måste ha genomförts för att man ska få göra denna.

I den sista workshopen får deltagarna testa på det som är grunden för det som kallas syntetisk biologi. Syntetisk biologi är programmering för biologi och används för att programmera bakterier och andra celler att göra det man programmerar in i deras genetiska kod. För att demonstrera tekniken kommer vi koda bakterier till att bli självlysande i blått- eller ultraviolettljus.

iGEM Stockholm

iGEM är en internationell tävling i (framförallt) syntetisk biologi för gymnasieelever, högskolestudenter och biohacking- och communitylabbar runt om i världen. I Stockholm finns det ett lag med studenter från KTH, KI och Konstfack. Tävlingen avgörs i en stor final som hålls i Boston i USA i slutet av oktober. Dessa workshops har utformats och arrangeras i samarbete med iGEM Stockholm. Eftersom de behöver presentera resultaten av sina insatser i att utforma dessa workshops måste de arrangeras så snart som möjligt så att laget hinner skriva ned resultaten. Det är därför de arrangeras med kort varsel. Men vi vill gärna ställa upp för iGEM Stockholm när de ändå tog på sig att utforma tre stycken separata kvalitativa workshops åt oss. Vi hoppas ni har överseende med detta.

Mina erfarenheter av hur man startar ett biolabb

Vi i Stockholm invigde vårt labb under våren förra året. Nyligen startades arbetet med att bygga ett biolabb i Göteborg, och bara under de två senaste veckorna har jag fått en förfrågan från Linköping och en från Malmö om tips, råd och erfarenheter om hur man startar ett biolabb. Det verkar som att intresset äntligen vaknat för att starta fler biolabb. Så här kommer en sammanfattning av mina erfarenheter och råd om man vill starta ett biolabb. Vill du starta ett i din stad ska du läsa den här texten, om du fortfarande är sugen på att anta utmaningen kan du kontakta mig för vidare råd och vägledning.

1. Försök inte starta ett labb ensamt. Det största misstaget jag gjorde var att jag försökte driva hela grejen själv. Det föll väldigt platt. Det här är inte bara helt nytt, det är dessutom svårt att få tag i utrustning och material, det kräver en del kunskaper som en genomsnittsperson inte besitter och det finns en del motstånd och skepticism mot idén att amatörer ska hålla på med molekylärbiologi. I en grupp delar man på bördan, kan driva varandra och har tillgång till ett större nätverk av människor. De olika roller som man faller i eller bestämmer hjälper mycket.

2. Ordna en lokal. Att hacka DNA och bakterier är en väldigt fysisk grej. Man behöver vara någonstans. Det behöver inte vara stort. Några av de bästa DIYbio-grupperna i världen har bland de minsta labben rent areamässigt. Vi i Stockholm har 36m² och det är troligen en av de största DIYbio-labben i världen. Att ordna lokal kommer troligen vara den svåraste biten med att komma igång. Priotera denna fråga högt redan från början. Mer om denna fråga i punkten om pengar. I Stockholm har vi löst det genom att vi är en del av Stockholm Makerspace.

Så här ser vårt labb ut. Ovanligt stort för ett amatörlabb.

Så här ser vårt labb ut. Ovanligt stort för ett amatörlabb.

3. Nätverka. Som nämns i punkt 1 är det ganska svårt att få ta i utrustning och material (till skillnad från andra klassiska makergrenar). För att få tag i saker utan att behöva lägga flera årslöner på att köpa in sakerna så behöver man känna folk (som känner folk) som kan donera utrustning (och material). I Stockholm hade vi turen att vi redan från första dagen fick bra support av enskilda forskare på universiteten och hade andra i våra nätverk med bra kontakter. Tack vare vårt kontaktnätverk har vi fått donerat utrustning för hundratusentals kronor. Hitta en eller flera forskare på närmaste universitet eller högskolan. Någon som självmant vill hjälpa och stötta. Någon som säger till när universitet eller nåt företag vill slänga saker. Och som även kan ge råd rent kunskapsmässigt om hur man utför specifika experiment.

4. Skaffa utrustning. Ett biolabb är väldigt utrustningskrävande. Utan utrustningen blir det inget biolabb. Olika sätt att skaffa utrustning är:

  1. Hitta företag och universitet som kan donera (som nämns ovan)
  2. Köp billigare alternativ på internet. Här finns det olika alternativ. Man kan köpa open source hårdvara, leta på blocket/Ebay/Alibaba eller köpa från företag som säljer utrustning för skolor.
  3. Bygg din egen utrustning. Eftersom det finns massa open source-hårdvara finns även deras ritningar som man kan använda. Kräver att man har tid och en del kunskap i elektronik, 3D-printing och i hur en laserskärare fungerar.
Här har vi varit på Stockholms universitet och tömt ett av deras lager.

Här har vi varit på Stockholms universitet och tömt ett av deras lager.

5. Hur man löser pengarfrågan. Den största och svåraste kostnaden kommer vara hyran för en lokal. Vi i Stockholm hade turen att Stockholm Makerspace hade plats och ville ha med oss i deras verksamhet. Det är en varm rekommendation att hitta en annan organisation i din stad som kan husera verksamheten. Ett makerspace är att rekommendera men det kan vara andra organisationer också. Kanske ett museum, utbildningsorganisation eller till och med ett företag. Ni får någonstans att vara och de får fler besökare. Men akta så de inte ställer orimliga krav på er. Ni ska inte jobba för dem och ni ska bestämma över er verksamhet.

Pengar för utrustning och material kan man få in genom att ordna workshops och ta betalt för material och utrustning som kommer behövas under workshopen. Utrustningen och materialet kan sedan användas för andra projekt. Det är så vi jobbar i Stockholm.

Man kan såklart även försöka få in sponsorer, men det är tid- och energikrävande och väldigt svårt att hitta företag som är intresserade. Och återigen, akta så de inte ställer orimliga krav på er. Ni ska inte behöva jobba för dem och ni ska bestämma över er verksamhet. Ofta vill sponsorer hellre ge material eller utrustning från det egna utbudet än pengar. Det kan vara okej. Det är upp till er själva att bestämma om det känns rimligt. I Stockholm har vi inte lagt speciellt mycket tid på att leta sponsorer och har aldrig haft några sponsorer för biolabbet.

6. Juridiken. Du behöver inget tillstånd eller certifikat för verksamheten så länge du inte modifierar organismer. För PCR behöver du till exempel inga tillstånd. Så fort du vill modifiera en organism finns det ett regelverk att ta hänsyn till. Det är olika myndigheter som har ansvaret beroende på vad det är du vill modifiera. För oss som biohackare är det Arbetsmiljöverkets ansvarsområde som är den relevanta. Det finns fyra olika säkerhetsnivåer. För de två lägsta behöver man bara anmäla att man håller på med verksamheten. Jag har bäst koll på den lägsta nivån för det är den jag ansökte för vårt labb. Det finns ett förenklat formulär om man bara vill ha den lägsta nivån. Man följer dokumentet och genomför en utredning för att vara säker på att inget kan släppas ut i miljön. När man genomfört utredningen skickar man in en anmälan till Arbetsmiljöverket som kan följa upp med följdfrågor. När de är nöjda kommer de skicka en bekräftelse på att ni fått in er anmälan. Sedan kan man till exempel modifiera E.coli till att självlysa.

7. Hitta samarbeten. En av anledningarna till att vi kan göra väldigt mycket under relativt kort tid är i min åsikt de samarbeten vi har med andra organisationer där vi delar gemensamma intressen. Om det finns ett iGEM-lag i staden är det ett givet samarbete. Vi samarbetar med Stockholms iGEM-lag. Tack vare dem kan vi erbjuda flera workshops under våren som vi omöjligen hade hunnit med annars. Och de får material på saker de kan visa upp i tävlingen att de har gjort. Vi har också ett samarbete med iGEM i Uppsala (som vi dock inte riktigt kommit igång med). Tack vare ett samarbete med forskarnätverket Stockholm RNA club hoppas vi kunna ge workshops i hur man använder tekniken CRISPR kring årsskiftet. De bidrar med kunskap, rådgivning, protokoll och vi sköter det praktiska.

8. Experimenten att börja med. Till sist behöver ett biohackinglabb experimentera, annars blir det mer en diskussionsklubb än ett labb. Man ska definitivt inte ha bråttom. Bättre att det är säkert och genomtänkt än det motsatta. Givna experiment i unga biohackinglabb är DNA-analyser med PCR och transformera (modifiera) bakterier till att självlysa. Andra saker man kan testa är att rena proteiner från bakterier eller lära sig mer om mikroskopi. Vad vi har märkt är att nybörjare har svårt för att hantera en pipett i början så vi kommer ha en inledande workshop där vi visar hur en pipett funkar, hur man seriespäder osv (denna sker i samarbete med iGEM).

Vår PCR-maskin. Den används när man bland annat vill analysera DNA.

Vår PCR-maskin. Den används när man bland annat vill analysera DNA.

9. Organisation och driv. Det kan vara lätt att börja starkt men tappa momentum allt eftersom tiden går och man stöter på hinder och andra motgångar. Det är bra om det finns en eller några få som ser till arbetet kommer framåt, driver och peppar. Den som tar initiativ till att ett datum bestäms för nästa träff, som pushar och påminner de aktiva att komma på möten osv. Se också till att ni har ett enkelt sätt att hålla kontakten och hålla er uppdaterade om vad som händer. Alla kan inte alltid vara med på allt. Vi i Stockholm har en Facebook-grupp som vi använder från alltifrån nyheter till att boka möten och ställa frågor om experiment. I Göteborg har de en maillista.

Fler chip-events snart

Den senaste tiden har trycket på oss att ordna nya chip-events varit stort över nästan hela landet. Jag kommer därför sitta och planera för några nya events runt om i landet. Mer information kommer nästa vecka, men de planerade städerna är Stockholm, Göteborg, Malmö och någonstans i norra Sverige, troligen Umeå. Som vanligt om man är intresserad av att bli chippad ska man använda formuläret på chipster.nu. Men jag kommer också annonsera det i chipster.nus Facebook-grupp.

Föresten, kan också tillägga att jag vill dokumentera och dela av mig av det mesta jag gör inom chip-sfären. Men att använda bloggen och Facebook för alla småsaker riskerar att bli spammigt. Kommer börja använda Snapchat och Instagram för de mindre nyheterna och andra tillfällena jag gör nåt litet kring chippen. Ni som har Snapchat vet hur det funkar:

snapcode

Mer information nästa vecka!

Nyttiga länkar för chip-intresserade

Det har skrivit några artiklar om chippning i svensk media senaste tiden (StockholmDirekt och Alltomstockholm.se) så det droppar in nya människor på den här sidan just nu. Jag vill därför bara kort ge er länkarna ni behöver bry er om:

1. Allt om RFID-implantat. En FAQ som besvarar de vanligast förekommande frågorna om chippen.
2. Chipster.nu. Projektet som helt och hållet är avsett för chippen. Bland annat genom att pusha företag att anpassa sina system och göra det lättare för de som vill chippa sig att chippa sig. Är ett projekt i ständig utveckling och anpassas efter trender, efterfrågan och supportbehov. Finns även en blogg på chipster.nu som kommer djupdyka i ämnen som är kan tänkas intressera chippade.
3. Chipster.nu’s Facebook-sida. Garanterat att allt som någonsin kommer hända inom chip-världen kommer det skrivas om i den gruppen. Så man alltid kan hålla sig uppdaterad.

chipster-01

Chips and Beer-afterwork

I torsdags körde vi ännu ett event. Denna gång ett afterwork på Epicenter där det bjöds på öl och chip-implantat. Det var många som var där, både de som ville chippa sig och de som var nyfikna och bara ville titta på. En trend jag märkt av är att de som chippat sig med 13.56 MHz-chippet (NTAG216) har börjat upptäcka att de flesta dörrar och portar till kontorsbyggnader har passersystem som bygger på den andra standarden med 125 KHz-system (EM4100). De som vill ha chip verkar också läsa på mer innan de bestämmer sig för vilken modell de vill ha och kommer då fram till att 125 KHz är bättre för dem än 13.56 MHz. Sen finns det de som sätter in båda standarderna samtidigt för att vara helt säker på att allt täcks in. Så med andra ord har efterfrågan på 125 KHz-chippen ökat rejält. Kan vara bra att veta det för er som vill ha ett chip och funderar på standarden. Att bara köra 125 KHz för att det är det som används på kontoret is the new black.

14073027_1334890493245537_386118191_n

Om ni är intresserad av att chippa er så är det som vanligt på chipster.nu som ni kan anmäla er. Efter ha drivit chipster.nu i snart ett år finns det också en insikt nu i att det finns väldigt många ut i landet som vill ha chip som bor i mindre städer och orter. Det är väldigt svårt för oss att ordna chip-events på mindre orter eftersom det inte finns tillräckligt många som är intresserad. Men jag känner att det måste finnas nåt sätt att lösa problemet. En tanke är att inte göra ett stort event av det, utan istället ordna så man minskar kostnaderna för alla inblandade parter att folk i mindre städer får möjlighet att chippa sig. Många vill bara ha chippet och struntar i om det är på ett event eller inte. Mer detaljer kring denna idé senare. Men tills dess går det fortfarande bra att signa upp sig på chipster.nu.

En glimt in i den syntetiska biologins framtiden

Att programmera datorer och bygga med elektronik är riktigt hett just nu. Men den riktigt stora potentialen finns i biologi. En nackdel med att bioteknik som teknikfält är låst till universiteten och de stora företagen är att få medvetna om dess potential. Videon nedan gör ett bra jobb att med snygg grafik och forskare och andra personer i den syntetiska biologins framkant förklara potentialen i tekniken.

Om man tycker syntetisk biologi verkar spännande så kommer man ha möjlighet att testa tekniken under hösten på Stockholm Makerspace då vi kommer erbjuda en workshop där man ändrar bakterier så de börjar självlysa. Man kan anmäla sitt intresse här.

SVT-reportage om biolabbet

För några dagar sen var SVTs Rapport hos oss på Makerspace och gjorde ett reportage om biohacking. Inslaget finns att se här men för er som besöker den här sidan för att ni sett reportaget och söker mer information så har jag samlat några nyttiga länkar här nedan:

Stockholm Makerspace [Facebook] – Föreningen där labbet ligger.

Chipster.nu [Facebook] – För de som är intresserade av chippen som man sätter in i handen. Om du vill ha ett anmäl dig på chipster.nu. Eller bara läs mer om chippet.

Bionyfiken [Facebook] – En förening som jag varit med och startat helt och hållet dedikerat till biohacking.

För övrigt planerar vi ett par workshops för de som vill lära sig att labba. Du kan anmäla ditt intresse här så skickar vi mer information när vi spikat datumen. De första workshopen bör vi kunna ge under augusti. Dessa workshops ger Stockhom Makerspace i samarbete med iGEM Stockholm.

Det går självklart också bra att maila mig på hej@biohacking.se om man inte hittar den informationen man behöver.

Snart kommer workshopen i biolabbet

Nu är vi snart där! Saker börjar falla på plats och vi kommer börja köra workshopen i augusti. Om du vill vara med och lära dig att labba så finns nu ett formulär där du kan anmäla ditt intresse för att vara med. Det är bra för oss att se hur många som vill vara med så vi kan planera bättre. Så anmäl er om ni vill testa på att labba. När vi har satt datumen för workshopen skickar vi ut mer information om dem.

Man bör välja de två första workshopen om man inte har någon tidigare erfarenhet av att labba. Men ingen av workshopen kräver några förkunskaper.

Dessa workshops ger Stockholm Makerspace i samarbete med Stockholms laget i iGEM-tävlingen.

Öppet hus för biolabbet på Makerspace

Med tanke på hur bra det har gått senaste tiden med biolabbet och hur mycket vi har planerat inför hösten tänkte vi att vi har ett öppet hus för biolabbet, mitt i juli!

Den 20e juli är alla välkomna till Stockholm Makerspace där ni får se biolabbet, testa på enkla tekniker, se vad vi har gjort senaste tiden och få mer information inför hösten. Om ni vill komma eller är intresserade av att komma så finns det mer information i detta Facebook-event där man gärna får anmäla om man kommer så vi får en uppskattning av hur många som möjligen kommer dyka upp.

Datum: 20 juli
Tid: 16.00-18.00
Adress: Drottning Kristinas väg 53

Glöm inte crowdfunding-kampanjen för iGEM! Workshopen under hösten hade inte varit möjliga utan dem!