Category Archives: Tips

Hur man sparar DNA över längre perioder

Det är en sak att extrahera DNA. Men hur gör man sen om man vill spara DNA:t över en längre period på kanske flera år? För det första är DNA-molekylen uppbyggt på ett visst sätt som gör hela molekylen relativt stabil, vilket självklart är viktigt eftersom DNA-molekylen bär på information som inte ska förändras under en livstid. Men det finns ändå många situationer och miljöer som innebär att DNA ändras eller bryts ned. I labbmiljö finns det främst två situationer som kan bryta ned DNA-molekylen och som man måste hantera för att kunna spara DNA undra längre perioder.

I det första fallet bryts DNA-strängen ned av en grupp enzymer som kallas för nukleaser. Nukleaser har till uppgift att bryta ned DNA-strängar och de finns naturligt i bakterie-, djur-, och växtceller där de fungerar som en försvarsmekanism för att bryta ned främmande DNA-strängar som tagit sig in i cellen, men bryter inte ned cellens egna DNA. Men när man slagit sönder celler så att cellernas innehåll hamnar i en enda röra kan dessa enzymer börja attackera och bryta sönder vilka DNA-strängar som helst.

I det andra fallet handlar det om att DNA-strängen bryts ned av att vattnet man använder i extraheringsprocessen är så rent att det är lite surt, och surt vatten bryter ned DNA-molekyler. Även om vattnet inte är surt så kommer koldioxidmängden över tid att öka i vattnet, vilket leder till en försurning av vattnet (samma  process som under den globala uppvärmningen lett till försurade hav).

I professionella labbar finns det en internationellt accepterad rutin för hur DNA ska lagras. I stort sett för alla tidsperioder handlar det om att förvara DNA:t i såkallad TE-buffer och sedan ställa det in i kylen vid 4 °C, om man tänker använda DNA:t ofta (varje vecka eller månad). Om man inte har tänkt använda DNA:t ganska omedelbart efter extraheringen och under ganska lång tid framåt (ett par månader till nåt år) så fryser man ner det (i TE-buffer) till -20 °C. Om man inte har tänkt använda DNA:t på flera år fryser man ned det i TE-buffer till -80 °C.

Anledningen till att man använder TE-buffer är för att denna buffer innehåller två komponenter som löser de två problemen där DNA bryts ned. Buffern är dels basisk och dels innehåller den EDTA som inaktiverar nukleasenzymer. Att man sedan lagrar DNA:t i ned till -80 °C är ett extra skydd mot nedbrytningen då nukleasenzymer blir inaktiva vid ungefär 4 °C.

Problemet när man ska lagra DNA hemma är att det är väldigt svårt att få tag på Tris och EDTA som är komponenterna till TE-buffer. Jag vet inte ens om privatpersoner får köpa eller inneha EDTA i Sverige eftersom det ämnet är svårnedbrytbart i naturen. I vilket fall som helst är TE-buffer till för proffsen och de seriösa projekten. Som hobbyister och som en rörelse som ska göra bioteknik mer tillgängligt för vanliga människor är vi ute efter förenklingar och alternativa ämnen där de är möjliga. Superprecision är kanske inte det främsta målet i varje steg i varje projekt. I detta fall vill vi lagra DNA under en längre period. Vi vet att enzymet blir inaktivt vid ungefär 4 °C och nedbrytningen av DNA på grund av surt vatten blir också mindre av att vi fryser och stänger in DNA-lösningen. Det vi helt enkelt kan göra är att frysa ned DNAt i -20 °C i vatten, utan att tillsätta TE-buffer och stänga in det i en behållare. Det är något man helt klart kan uppnå hemma (till skillnad från att frysa ned till -80 °C) Jag vet inte exakt hur länge DNA kan hålla i vatten nedfruset till -20 °C och det verkar vara delade meningar om hur länge det håller. Men att det kommer hålla en längre tid (år) borde vara möjligt.

Om någon vet mer om hur man som hobbybiohackare kan lagra DNA en längre tid eller vet om man kan lagra DNA i vatten nedfryst till -20 °C utan problem så berätta gärna nedan i kommentarerna.

David Hewlett från Stargate vill starta Youtube-serie om DIYBio

David Hewlett, mer känd som Rodney McKay i scifi-serien Stargate Atlantis har på initiativ av en Youtube-användare lagt upp två youtubevideos (se längre ned i posten) där han uttrycker intresse om att skapa en youtubeserie om DIYBio. Just nu handlar det bara om initiala diskussioner, men tanken är att göra videos som inspirerar människor och ger dem grundläggande kunskaper att bli involverade i DIYBio-rörelsen. Mer specifikt skulle videon vara interjuver/dokumänter, tutorials eller ha en lärande karaktär. Vi får se vart diskussionera leder men hoppas på att idén blir verklighet.

Biocoder – Ett biohackingzine

biocoder

Har hittat nåt som kan vara ett riktigt bra klipp. Det är en biohacking-tidning som ges ut var tredje månad av datorbokförlaget O’Reilly. Hittills har det kommit ut fyra nummer av magazinet och de har hittills varit gratis att ladda ner. Det är korta men väldigt intressanta artiklar kring allt som har med diybiologi att göra. Artiklarna skrivs av nyckelpersoner inom diybio-rörelse så man får en förstahandsupplevelse. I det första numret kan man till exempel läsa om bioprintern som biomarkerspacet Biocurious byggde förra året. Man får en introduktion till den nya och hyllade genredigering-metoden som kallas CRISPR och att det finns biospaces som exprimenterar med tekniken. En annan artikel handlar om hur det juridiska hål Monsanto använde för att få deras Bluegrass produkt godkänt för försäljning nu används av människor i diybio-rörelsen för att skapa lysande växter. Har ytterligare tre nummer av magazinet att läsa mig igenom. Ser fram emot det.

Biocoder kan ladda ned här.