Category Archives: Stockholm Makerspace

Sammanfattning av vårens biohackinghändelser

Här kommer en sammanfattning av det viktigaste som hände i biohackingsfären under våren 2017. Det hände mer under våren 2017 än jag egentligen hann skriva om här och därför startade jag en Facebooksida där tanken är att jag frekvent postar nyheter och intressanta artiklar, reportage o.s.v om biohacking och andra spännande teknikområden som bioteknik.

En av årets mest spännande nyheter kom tidigt i år när sekvenseringsbolaget Illumina meddelade att de har byggt en maskin som en dag kommer kunna sekvensera ett helt genom för $100 (dagens pris för ett helt genom ligger på cirka $1000). Det kommer öppna för möjligheter som vi idag inte ens kan föreställa oss men ett är att det det en dag kommer bli lika vanligt att ge ett DNA-prov när man är på vårdcentralen som det idag är att ge blod.

Vetenskapensvärld sände flera reportage om tDCS och relaterande tekniker. Personligen syns jag lite här och var i detta reportage. Även om det går väldigt sakta så finns det fortfarande i planerna att bygga och sälja en tDCS som många av er har efterfrågat. Man kan anmäla sitt intresse här.

Chippen fick ett rejält uppsving när SJ meddelade att de experimenterade med att låta resenärer använda chippet för att lagra sin biljett. Det är dock bara i teststadiet fortfarande och rapportern från chippade som försökt använda sitt chip som biljett är generellt att det inte funkar speciellt bra av olika anledningar. Men om man vill testa kan man läsa denna guide för hur man lägger sin tågbiljett till chippet. Om man vill ha ett chip kan man anmäla intresse här. Vi kommer öka antalet chip-events under hösten.

Vad gäller biolabbet i Stockholm Makerspace låg verksamheten i stort sett nere under detta halvår eftersom jag medverkar i tävlingen i syntetiska biologi som kallas för iGEM (internationally Genetically Engineered Machine) och tanken är att använda kunskaperna jag får ut senare av tävlingen i Makerspace senare i höst där planen är att kunna erbjuda en hel kurs i syntetisk biologi.

För övrigt är tanken att hålla fler events med början under hösten då vi vet att många har efterfrågar events. Det har varit lite för svårt att organisera hittills men till hösten ska vi ha löst det mesta för att kunna börja arrangera riktiga meetups. Har ni förslag på teman för meetupsen, talare eller annat så skicka gärna ett mail.

Stockholm Makerspace i Plånboken i P1

Plånboken i P1 var på besök på Makerspace för typ en vecka sedan och fick en rundtur på spacet och jag samtalade lite med reporten om makerrörelsen och dess betydelse för att återvinna produkter.

Det är på Stockholm Makerspace som biolabbet finns så om man är intresserad av att leka med bakterier och DNA så är det hit man ska söka sig. Men det finns även svets, elektronik, laserskärare och annat kul.

Lyssna på programmet här (börjar vid 26:20)

Medverkade i Stockholm Hardwares podcast

Stockholm har en stor och aktiv community inom hårdvara, där Stockholm Makerspace är den ideella föreningen för gräsrotsrörelsen. Det finns även en meetup som går under namnet Stockholm Hardware som arrangeras av ett gäng hårdvaruentusiaster en gång i månaden. Nyligen startade de en podcast och jag fick förmånen av att vara bland de första som intervjuades i denna podcast om biohacking och hårdvara. Lyssna här.

För er som är intresserade av Stockholm Hardware rekommenderar jag följande:

Stockholm Hardware på Meetup.com
Stockholm Hardware på Facebook
Stockholm Hardware på Twitter

Nya workshops i biolabbet!

Under november kör vi vår workshops-serie igen. Det blir tre stycken. Den första lägger den viktigaste grunden, vilket är att kunna hantera en pipett. I den andra workshopen lär man sig hur bakterier odlas och olika tekniker för att ta prover från olika ytor och i den tredje visar vi hur man får bakterier att börja lysa. Igår lyckades vi också genomföra en komplett analys av en gen som vi människor har som hjälper oss att känna vissa bittra smaker. En workshop i hur man analyserar DNA kommer därför också komma snart. Vi har också börjat planera för en workshop i den nya spännande tekniken som kallas för CRISPR. Vill man få bakterier att lysa, lära sig analysera DNA eller gå på CRISPR-workshopen behöver man åtminstone ha gjort första workshopen. Så signa upp er om ni vill göra dessa!

Nedan finns mer information om datum, tider och hur man anmäler sig. Observera att du behöver vara medlem i Stockhom Makerspace för att kunna göra workshopsen.

Workshops 1: Pipettering
Datum: 12e november, kl 13:00 – 15:00
Anmälan här.

Workshop 2: Odling av bakterier
Datum: 13e novmber, kl 13:00 – 15:00
Anmälan här.

Workshop 3: Lysande bakterier
Datum: 26e november, kl 10:00 – 15:00
Anmälan här.

petri

Vi skapade bakterier som lyser!

Dåså! Vi har länge pratat om det. Nu äntligen lyckades vi modifiera DNAt för E.coli-bakterier så att bakterierna började lysa!

Vi sa för flera månader sen att vi skulle göra det här experimentet i samarbete med iGEM Stockholm under en workshop. Denna workshop höll vi i söndags förrförra veckan (16e oktober). Tyvärr lyckades vi inte få några lysande bakterier då. Men i söndags förra veckan (23e oktober) var vi ett litet gäng nere på Makerspace för att försöka igen. Jag såg ganska direkt vad vi hade gjort för fel första gången. Bakterierna från orginalprovet hade klumpat sig i botten av Eppendorf-tuben så vi hade troligen inte fått med några bakterier alls första gången. Vi gav bakterierna även längre tid på sig att uttrycka antibiotika-resistenta genen. Det löste problemet och nedan kan man se resultatet av de lysande bakterierna.

14720509_10211208214631366_7865233755866036062_n

Om man själv vill testa på att modifiera bakterier så kommer vi köra denna workshop igen nästa månad. Håll ögon och öron öppna på Facebook.

SVT-reportage om biolabbet

För några dagar sen var SVTs Rapport hos oss på Makerspace och gjorde ett reportage om biohacking. Inslaget finns att se här men för er som besöker den här sidan för att ni sett reportaget och söker mer information så har jag samlat några nyttiga länkar här nedan:

Stockholm Makerspace [Facebook] – Föreningen där labbet ligger.

Chipster.nu [Facebook] – För de som är intresserade av chippen som man sätter in i handen. Om du vill ha ett anmäl dig på chipster.nu. Eller bara läs mer om chippet.

Bionyfiken [Facebook] – En förening som jag varit med och startat helt och hållet dedikerat till biohacking.

För övrigt planerar vi ett par workshops för de som vill lära sig att labba. Du kan anmäla ditt intresse här så skickar vi mer information när vi spikat datumen. De första workshopen bör vi kunna ge under augusti. Dessa workshops ger Stockhom Makerspace i samarbete med iGEM Stockholm.

Det går självklart också bra att maila mig på hej@biohacking.se om man inte hittar den informationen man behöver.

Öppet hus för biolabbet på Makerspace

Med tanke på hur bra det har gått senaste tiden med biolabbet och hur mycket vi har planerat inför hösten tänkte vi att vi har ett öppet hus för biolabbet, mitt i juli!

Den 20e juli är alla välkomna till Stockholm Makerspace där ni får se biolabbet, testa på enkla tekniker, se vad vi har gjort senaste tiden och få mer information inför hösten. Om ni vill komma eller är intresserade av att komma så finns det mer information i detta Facebook-event där man gärna får anmäla om man kommer så vi får en uppskattning av hur många som möjligen kommer dyka upp.

Datum: 20 juli
Tid: 16.00-18.00
Adress: Drottning Kristinas väg 53

Glöm inte crowdfunding-kampanjen för iGEM! Workshopen under hösten hade inte varit möjliga utan dem!

Artikel i Svenska Dagbladet om biolabbet

Som jag skrivit tidigare har vi varit väldigt aktiva i biolabbet de senaste månaderna och haft en del framgångar. För några veckor sen var en journalist på besök och intervjuade mig och en annan medlem om biolabbet och biohacking. Artikel går att läsa här. Det är en bra artikel. Det ger en korrekt bild av biolabbet och rörelsen från vårt perspektiv. Och för den andra sidan så har de bjudit in till några kritiska röster. Som jag inte tycker är så kritiska. Men här är ett litet försök till bemötande.

Jenny Grönberg Hernandez, doktor i immunologi säger “Alla kan lära sig utföra molekylärbiologiska experiment, utmaningen ligger i att tolka resultaten /…/ För at få ett korrekt resultat, och inte bara ett bevis på att metoden fungerar, krävs det att man har en molekylärbiologisk bakgrund.”

Jag förstår tankegången men man behöver förstå att vi försöker inte bota cancer. Vi försöker få bakterier att lukta banan, bara för kul. Sedan så har väldigt många av oss utbildning och erfarenhet av att jobba med molekylärbiologi och vi har även ett nätverk med professionella forskare som stöttar vårt arbete. Det här projektet hade inte varit möjligt utan deras hjälp. Man får inte heller glömma att man faktiskt kan lära sig saker även om man inte lär sig via universitetsutbildning. Vi har också en styrka i att vi har sådana olika bakgrunder. Väldigt värdefullt att ha tillgång till folk som är experter på 3D-printing eller är duktiga kodare. Sånt har professionella forskare inte alltid tillgång till.

Roger Roffey, Totalförsvarets forskningsinstitut säger “Hittills har man inte sett att de håller på med något som kan vara skadligt. Den största faran är att de skadar sig själva när de håller på med kemikalier.”

Vi håller inte på med kemikalier 🙂 Ytterst sällan i alla fall och när vi väl “håller på med kemikalier” så väljer vi de som är säkrast för miljön, människor och djur. Om vi inte kan hitta sådana alternativ låter vi bli. Som det står i huvudartikeln har vi för avsikt att följa lagar, regler och praxis.

Katarina Eskils, mikrobiolog på Arbetsmiljöverket med tillsynsansvar säger “Precis som med alla GMM-verksamheter kan vi inspektera att de gör det som de har angett att de ska göra”.

Katarina är en av experterna som jag har varit i personlig kontakt med och vi har i föreningen länge pratat om att bjuda in myndighetsfolk så de är välkomna 🙂

Kjell Asplund, ordförande i Statens medicinsk-etiska råd säger “Oavsett vad testet gäller, är det viktigt att i förväg tänka igenom vad resultatet kan innebära. Problemet är att man sällan får full information om vad man ger sig in på när det inte sker inom vården”.

Jag har även varit i kontakt med Kjell och när jag frågade honom om det vi planerade att göra i biolabbet kunde vara av intresse för SMER så verkade han inte speciellt intresserad. Men i vilket fall som helst så är vi medvetna om de etiska frågorna och vi kommer se till att folk som vill ta reda på information om sig själva också är medvetna om dessa frågor. Sen så vet jag inte riktigt om jag kan hålla med om att man verkligen får full information när man vill testa sig via vården. Det finns fall där folk sökt sig till oss just för att de känt att de inte fått tillräckligt med information via vården och nåt jag själv också känt när jag själv varit i kontakt med vården.

Men jag ska ta tag i det på riktigt nu och fixa ett tillfälle där vi bjuder in experter så de kan kolla själva vad vi egentligen håller på med.

Så här kan du hjälpa utveckla svensk biohacking

I år kommer det bli ett fantastisk år för biolabbet. Vi har lyckats bekräfta att vår PCR-maskin fungerar och vi håller på att planera för en massa workshops. Vi kommer ha workshops där vi går igenom grundläggande labbteknik som pipettering och odling av bakterier. Sedan kommer vi ha mer avancerade workshops där vi visar hur man kan modifiera bakterier till att självlysa. Att vi kommer kunna ha dessa workshops redan under hösten är tack vare att Makerspace samarbetar med Stockholms laget i iGEM-tävligen. De planerar dessa workshops i detalj åt oss, bidrar med material och hjälper till med genomförande.

iGEM är en tävling där studentlag från hela världen tävlar i syntetisk biologi. Tävlingen går ut på att bygga nya biologiska system och Stockholms lagets projekt går ut på att få sår som inte läker att läka med hjälp av spindelnät! Se videon nedan för en presentation av deras projekt. Men för att kunna färdigställa sitt projekt behöver de samla in lite pengar som de gör genom en crowdfunding-kampanj. Om du är intresserad av att gå någon av dessa workshops, tycker att syntetisk biologi är spännande eller ser ett värde i biohacking se då till att donera några slantar i deras crowdfunding-kampanj!

Genombrott i labbet!

Sen biohackingkonferensen har jag samlat en grupp personer som visat extra mycket intresse för labbet och vi träffas med jämna mellanrum och försöker kickstarta verksamheten i labbet. Första gången vi träffades för att labba på riktigt var på Kristihimmelsfärdsdagen då vi försökte genomföra hela processen med att analysera DNA med PCR-tekniken. Målet var att testa om utrustningen fungerade. För att göra detta bestämde vi oss för att strunta i de första stegen med att designa primers och extrahera DNA. Jag bad en kontakt på Stockholms universitet om vi kunde få lite bakterie-DNA och primers och det var inga problem. Vi fick lite leftover plasmider med tillhörande primers. Vi satte igång med att använda PCR-maskinen för att kopiera upp plasmiderna. Vi kom till sista steget som är elektroforessteget innan jag insåg att vi saknade den DNA-färg som krävs för att kunna genomföra det steget.

En jakt började för att få tag i denna typ av färg, som inte är helt lätt att få tag i om man är ett biohackerlabb i Sverige då priset är riktigt saftigt. Jag skrev upp Makerspace som kund på bioteknikföretaget VWR för de hade det billigaste priset. Den processen i sig tog nästan två veckor. Men precis innan jag skulle köpa in färgen kom jag i kontakt med en forskare på Örebro-universitet och efter lite diskussioner erbjöd han sig att skicka exakt den färgen vi behövde, och helt gratis för oss på Makerspace! Väldigt hyggligt! Jag måste säga att stödet vi har fått från enskilda forskare på svenska universitet har varit fantastiskt och helt ovärderligt.

2016-05-25 19.10.27

Paketet tog jag med mig (under kylning!) till Makerspace och vi träffades på nytt på nationaldagen för att fortsätta testet, bara för att inse att färgen vi hade fått inte var anpassat för vanlig PCR. Den var anpassad för det som kallas för RT-PCR, vilket jag visste från början. Det jag inte visste var att man använder olika koncentrationer av färgen för PCR respektive för RT-PCR. För RT-PCR används en 10x-koncentration och för PCR används en 10,000x-koncentration. Stor skillnad. Det hade inte gått att anpassa 10x-koncentrationen för vårt syfte genom att blanda det med gelen som man ofta gör. Men idén dök upp att blanda 10x-koncentrationen med proverna innan de sattes på gelen. Enligt instruktionerna skulle det funka att göra det på det sättet så vi bestämde oss för att testa den vägen. Vi mixade ihop allting och slängde upp (in?) proverna på gelen.

2016-06-06 12.28.47

Tjugo minuter senare kunde vi se resultatet på transilluminatorn. Det lyckades! Plasmiderna hade kopierats upp och proverna hade färgats trots att vi inte hade rätt koncentration. På bilden nedan är de ljusgröna kvadraten DNAt som kopierats upp. De med bra kunskaper och erfarenhet av PCR kan se att stegen till vänster inte har fått rätt upplösning och det är en grej vi får jobba på att lösa. Det viktiga just denna gång var att visa att PCR-maskinen fungerar och att SYBR Green (som färgen heter) fungerar med blått ljus. Vilket vi också gjorde. Som ett plus vet vi nu också att vi kan förfärga proverna innan de sätts på gelen.

2016-06-06 13.09.32

Slutsatserna av allt det här arbetet är att den grundläggande tekniken för att analysera DNA nu finns på Stockholm Makerspace och fungerar! Nästa steg blir att justera resultaten och få rätt upplösning på stegen. Parallellt måste vi hitta en metod för att extrahera DNA, designa primers och hitta någonstans att beställa från. Efter det kan vi börja jobba med andra organismers DNA.