Category Archives: Labbet

Öppet hus för biolabbet på Makerspace

Med tanke på hur bra det har gått senaste tiden med biolabbet och hur mycket vi har planerat inför hösten tänkte vi att vi har ett öppet hus för biolabbet, mitt i juli!

Den 20e juli är alla välkomna till Stockholm Makerspace där ni får se biolabbet, testa på enkla tekniker, se vad vi har gjort senaste tiden och få mer information inför hösten. Om ni vill komma eller är intresserade av att komma så finns det mer information i detta Facebook-event där man gärna får anmäla om man kommer så vi får en uppskattning av hur många som möjligen kommer dyka upp.

Datum: 20 juli
Tid: 16.00-18.00
Adress: Drottning Kristinas väg 53

Glöm inte crowdfunding-kampanjen för iGEM! Workshopen under hösten hade inte varit möjliga utan dem!

Artikel i Svenska Dagbladet om biolabbet

Som jag skrivit tidigare har vi varit väldigt aktiva i biolabbet de senaste månaderna och haft en del framgångar. För några veckor sen var en journalist på besök och intervjuade mig och en annan medlem om biolabbet och biohacking. Artikel går att läsa här. Det är en bra artikel. Det ger en korrekt bild av biolabbet och rörelsen från vårt perspektiv. Och för den andra sidan så har de bjudit in till några kritiska röster. Som jag inte tycker är så kritiska. Men här är ett litet försök till bemötande.

Jenny Grönberg Hernandez, doktor i immunologi säger “Alla kan lära sig utföra molekylärbiologiska experiment, utmaningen ligger i att tolka resultaten /…/ För at få ett korrekt resultat, och inte bara ett bevis på att metoden fungerar, krävs det att man har en molekylärbiologisk bakgrund.”

Jag förstår tankegången men man behöver förstå att vi försöker inte bota cancer. Vi försöker få bakterier att lukta banan, bara för kul. Sedan så har väldigt många av oss utbildning och erfarenhet av att jobba med molekylärbiologi och vi har även ett nätverk med professionella forskare som stöttar vårt arbete. Det här projektet hade inte varit möjligt utan deras hjälp. Man får inte heller glömma att man faktiskt kan lära sig saker även om man inte lär sig via universitetsutbildning. Vi har också en styrka i att vi har sådana olika bakgrunder. Väldigt värdefullt att ha tillgång till folk som är experter på 3D-printing eller är duktiga kodare. Sånt har professionella forskare inte alltid tillgång till.

Roger Roffey, Totalförsvarets forskningsinstitut säger “Hittills har man inte sett att de håller på med något som kan vara skadligt. Den största faran är att de skadar sig själva när de håller på med kemikalier.”

Vi håller inte på med kemikalier 🙂 Ytterst sällan i alla fall och när vi väl “håller på med kemikalier” så väljer vi de som är säkrast för miljön, människor och djur. Om vi inte kan hitta sådana alternativ låter vi bli. Som det står i huvudartikeln har vi för avsikt att följa lagar, regler och praxis.

Katarina Eskils, mikrobiolog på Arbetsmiljöverket med tillsynsansvar säger “Precis som med alla GMM-verksamheter kan vi inspektera att de gör det som de har angett att de ska göra”.

Katarina är en av experterna som jag har varit i personlig kontakt med och vi har i föreningen länge pratat om att bjuda in myndighetsfolk så de är välkomna 🙂

Kjell Asplund, ordförande i Statens medicinsk-etiska råd säger “Oavsett vad testet gäller, är det viktigt att i förväg tänka igenom vad resultatet kan innebära. Problemet är att man sällan får full information om vad man ger sig in på när det inte sker inom vården”.

Jag har även varit i kontakt med Kjell och när jag frågade honom om det vi planerade att göra i biolabbet kunde vara av intresse för SMER så verkade han inte speciellt intresserad. Men i vilket fall som helst så är vi medvetna om de etiska frågorna och vi kommer se till att folk som vill ta reda på information om sig själva också är medvetna om dessa frågor. Sen så vet jag inte riktigt om jag kan hålla med om att man verkligen får full information när man vill testa sig via vården. Det finns fall där folk sökt sig till oss just för att de känt att de inte fått tillräckligt med information via vården och nåt jag själv också känt när jag själv varit i kontakt med vården.

Men jag ska ta tag i det på riktigt nu och fixa ett tillfälle där vi bjuder in experter så de kan kolla själva vad vi egentligen håller på med.

Så här kan du hjälpa utveckla svensk biohacking

I år kommer det bli ett fantastisk år för biolabbet. Vi har lyckats bekräfta att vår PCR-maskin fungerar och vi håller på att planera för en massa workshops. Vi kommer ha workshops där vi går igenom grundläggande labbteknik som pipettering och odling av bakterier. Sedan kommer vi ha mer avancerade workshops där vi visar hur man kan modifiera bakterier till att självlysa. Att vi kommer kunna ha dessa workshops redan under hösten är tack vare att Makerspace samarbetar med Stockholms laget i iGEM-tävligen. De planerar dessa workshops i detalj åt oss, bidrar med material och hjälper till med genomförande.

iGEM är en tävling där studentlag från hela världen tävlar i syntetisk biologi. Tävlingen går ut på att bygga nya biologiska system och Stockholms lagets projekt går ut på att få sår som inte läker att läka med hjälp av spindelnät! Se videon nedan för en presentation av deras projekt. Men för att kunna färdigställa sitt projekt behöver de samla in lite pengar som de gör genom en crowdfunding-kampanj. Om du är intresserad av att gå någon av dessa workshops, tycker att syntetisk biologi är spännande eller ser ett värde i biohacking se då till att donera några slantar i deras crowdfunding-kampanj!

Genombrott i labbet!

Sen biohackingkonferensen har jag samlat en grupp personer som visat extra mycket intresse för labbet och vi träffas med jämna mellanrum och försöker kickstarta verksamheten i labbet. Första gången vi träffades för att labba på riktigt var på Kristihimmelsfärdsdagen då vi försökte genomföra hela processen med att analysera DNA med PCR-tekniken. Målet var att testa om utrustningen fungerade. För att göra detta bestämde vi oss för att strunta i de första stegen med att designa primers och extrahera DNA. Jag bad en kontakt på Stockholms universitet om vi kunde få lite bakterie-DNA och primers och det var inga problem. Vi fick lite leftover plasmider med tillhörande primers. Vi satte igång med att använda PCR-maskinen för att kopiera upp plasmiderna. Vi kom till sista steget som är elektroforessteget innan jag insåg att vi saknade den DNA-färg som krävs för att kunna genomföra det steget.

En jakt började för att få tag i denna typ av färg, som inte är helt lätt att få tag i om man är ett biohackerlabb i Sverige då priset är riktigt saftigt. Jag skrev upp Makerspace som kund på bioteknikföretaget VWR för de hade det billigaste priset. Den processen i sig tog nästan två veckor. Men precis innan jag skulle köpa in färgen kom jag i kontakt med en forskare på Örebro-universitet och efter lite diskussioner erbjöd han sig att skicka exakt den färgen vi behövde, och helt gratis för oss på Makerspace! Väldigt hyggligt! Jag måste säga att stödet vi har fått från enskilda forskare på svenska universitet har varit fantastiskt och helt ovärderligt.

2016-05-25 19.10.27

Paketet tog jag med mig (under kylning!) till Makerspace och vi träffades på nytt på nationaldagen för att fortsätta testet, bara för att inse att färgen vi hade fått inte var anpassat för vanlig PCR. Den var anpassad för det som kallas för RT-PCR, vilket jag visste från början. Det jag inte visste var att man använder olika koncentrationer av färgen för PCR respektive för RT-PCR. För RT-PCR används en 10x-koncentration och för PCR används en 10,000x-koncentration. Stor skillnad. Det hade inte gått att anpassa 10x-koncentrationen för vårt syfte genom att blanda det med gelen som man ofta gör. Men idén dök upp att blanda 10x-koncentrationen med proverna innan de sattes på gelen. Enligt instruktionerna skulle det funka att göra det på det sättet så vi bestämde oss för att testa den vägen. Vi mixade ihop allting och slängde upp (in?) proverna på gelen.

2016-06-06 12.28.47

Tjugo minuter senare kunde vi se resultatet på transilluminatorn. Det lyckades! Plasmiderna hade kopierats upp och proverna hade färgats trots att vi inte hade rätt koncentration. På bilden nedan är de ljusgröna kvadraten DNAt som kopierats upp. De med bra kunskaper och erfarenhet av PCR kan se att stegen till vänster inte har fått rätt upplösning och det är en grej vi får jobba på att lösa. Det viktiga just denna gång var att visa att PCR-maskinen fungerar och att SYBR Green (som färgen heter) fungerar med blått ljus. Vilket vi också gjorde. Som ett plus vet vi nu också att vi kan förfärga proverna innan de sätts på gelen.

2016-06-06 13.09.32

Slutsatserna av allt det här arbetet är att den grundläggande tekniken för att analysera DNA nu finns på Stockholm Makerspace och fungerar! Nästa steg blir att justera resultaten och få rätt upplösning på stegen. Parallellt måste vi hitta en metod för att extrahera DNA, designa primers och hitta någonstans att beställa från. Efter det kan vi börja jobba med andra organismers DNA.

Labbets status under våren

Under början av året gav jag ett löfte att satsa mer på biolabbet som finns på Stockholm Makerspace. Sedan dess har jag samlat ett par personer som visat stort intresse att driva projekt aktivt i labbet så att vi gemensamt kan jobba på att gå igång verksamheten i labbet. Målet är att få genomföra en PCR-analys. Vi har hittills träffats två gånger i labbet. Den första gången gick vi genom hur PCR funkar och vi listade ett par projekt som vi möjligen skulle kunna genomföra. Andra gången bestämde vi oss för att genomföra ett test av en gen som bestämmer om man kan känna av den bittra smaken som kallas för PTC och vi röjde undan mycket skräp som låg i labbet.

2016-04-13 21.51.35

Vi bestämde även att vi den 5e maj ska genomföra ett testförsök av utrustningen för att se om de funkar. För det testet kommer vi få plasmid-DNA och primers av en kontakt på Stockholms universitet. På det sättet slipper vi steget med att extrahera DNA. Då vet vi säkert att det åtminstone finns DNA i provet om det blir nåt problem med resultatet.

Så just nu pågår förberedelser inför 5e maj. DNA och plasmider ska hämtas från SU, protokollet för analysen ska färdigställas, skräp måste slängas, eventuellt måste en våg köpas in osv. Om man vill hjälpa till med att gå igång labbet kan man börja med att börja följa biolabbets Facebook-grupp som vi använder för att kommunicera på, eller så kan man kontakt mig för mer information.

CRISPR överallt

Det är mycket CRISPR överallt nu. Mycket hajpad teknik som många tror är början på utbredd genterapi. Men det är inte helt problemfritt. Dels finns de etiska frågorna och dels finns det fortfarande en del problem med själva tekniken. På biolabbet i Stockholm Makerspace hoppas jag att vi ska kunna göra enklare tester med CRISPR nån gång. Vi ska försöka med att transformera (modifiera) E.coli så snart som möjligt. Det är en hel del säkerhetsgrejer vi behöver uppfylla först. Men tills det är klart så finns det en del intressant om CRISPR att lyssna och se på från SR (och nedan) och SVT.

Våren 2016

Här är den obligatoriska “det här händer under det nya året”.

Det största och bästa som kommer hända under första halvåret är att vi kommer anordna första svenska biohackingkonferensen. Datumet är satt till 9e april (preliminärt). Planen är att det blir en heldag med väldigt blandat innehåll men med inriktning på att få saker gjort. Är man intresserad att ställa upp som talare, utställare eller liknande så är det bara att skicka ett mail till mig så kan vi diskutera vidare.

Det finns också några projekt som jag inte hann avsluta i höstas som jag känner måste få ett avslut på under våren. Det första är tDCS-kitet som jag kommer fokusera på under resten av januari. Februari ska den gå att köpa. Det andra är att PCR-processen som jag försökt få att fungera nu måste lösas. Har dröjt för länge. Hann köra ett test i höstas, men resultatet blev inte bra alls, så jag ska göra om och göra rätt.

Sedan har vi teknikfestivalerna Stockholm Mini Maker Faire som går som vanligt i maj på Tekniska museet och Tekla som är en teknikfestival för unga tjejer. Mini Maker Faire kommer vi definitivt vara med på och Tekla hoppas jag vi kan vara med på. Den är väldigt beroende av om jag lyckas lösa en workshop.

Ska försöka få till en del meetups också. Kommer högst troligen bli en brainhacking-meetup och förhoppningsvis en chip-meetup och en på temat quantified self. Men redan nu är det klart med att vi ska ha ett chip-event i februari under förutsättning att alla åtta platser som finns tillgängliga för chippning säljs ut. Just nu finns fem platser kvar. Bor du i eller kring Stockholm och vill ha chip så är det här troligen det enda öppna chip-eventet vi kommer ha under våren i Stockholm.

Det är vad som är planerat eller spånat. Vad som helst utöver det kan hända också! 🙂

Liten uppdatering av vad som händer just nu

Tänkte bara skriva lite om vad och vilka projekt jag håller på med just nu.

Labbet
Jobbar fortfarande på att få PCR-protokollet att fungera. Det senaste är att jag har kört PCR på mitt eget DNA. Men medan jag höll på att lägga en gel för att kolla på resultatet så smällde spänningslådan. Så nu ligger mitt DNA på is (bokstavligt talat) medans jag väntar på att den nya spänningslådan jag beställt ska anlända. Sen ska jag kollar resultatet. Om det är bra så börjar jag planera för workshops. Om det är dåligt så gäller det att göra om och göra rätt.

Brainhacking
Bygger just nu på version två av tDCS-lådan jag byggde förra året. Det är tänkt att denna ska vara så bra att om man vill köpa en så ska det vara möjligt. Arbetet fortskrider sakta men säkert framåt. Borde kunna ha en fungerade version i år. Största problemet med att sälja dem är att jag inte är insatt i alla konsumtrelaterade lagar och regler. Bara att läsa på dem kommer nog ta hela jullovet. Så förvänta er att denna nya version kommer finnas för försäljning någon gång i början av nästa år. Kan tänka mig slänga ihop en allmän brainhacking-meetup med denna nya tDCS och en del andra hjärn- och neuroprylar som man kan testa på.

Chip
Det är många som anmäler intresse för chip via chipster.nu. Så vi planerade in ett event som skulle ha ägt rum förra fredagen i Stockholm. Men vi behövde förskottsbetalningar för vi behövde kunna säga till vår piercare att det hade varit värt hans resa och tid. Men antalet förskottsbetalningar kom inte in i den takten som var nödvändigt, så för att inte riskera nåt ställde vi in eventet. Det intressanta är att efter att eventet ställdes in har jag fått massor med frågor om när vi omplanerar chip-eventet. Så jag kommer göra ett nytt försök efter julledigheten, troligen i slutet av januari, med ett nytt event. Då lägger jag upp det så att om vi lyckas få in X antal förskottsbetalningar inom 24 timmar så ordnar vi ett event.

Övrigt
Bionyfiken blev beviljad pengar för att anordna en konferens för biohackers/makers och vi kommer börja planera för den. Vi hoppas kunna hålla den under våren nästa år. Kommer också börja skissa för Bionyfikens eller biolabbets medverkan på teknikfestivalen Tekla som hålls för unga tjejer under våren.

And how is the lab going?

The lab is making a lot of progress! But it’s one step forward, two steps back. Every time I solve a problem three new arise.

I have at this moment managed to extract some DNA from myself (NaOH, boiling and Tris). I have used the openPCR to amplify the PTC gene and now I have to be able to run an gel electroforesis to be able to see the result. The problem is that the eletroforesis system I have is old and needs some fixing. I will take care of it as soon as I have the spares, but I have also ordered the IOrodeo electroforesis system just to be sure I have a working electroforesis system soon. And I will release the protocol ones I have made sure it works. Until the here is a picture of me boiling some DNA.

2015-10-22 13.31.37

Invigning av Stockholm Makerspaces nya lokal

Då är det dags att inviga nya lokalen på Stockholm Makerspace. Den 13:e oktober kommer vi ha invigning från kl 17.00 till kl 20.00. Alla är välkomna. RSVP:a gärna på Facebook.

Extra kul att labbet nu är helt klar för att driva projekt i nu. Vi har avtal med ett företag som säljer reagens och annat man kan behöva. Under invigningen hoppas jag kunna visa upp utrustningen med DNA och annat roligt såsom vi kommer göra under första PCR-workshoppen. Så kom och titta, mingla, diskutera och hacka. Resten av hösten kommer bli riktigt spännande.