Monthly Archives: September 2014

Söker efter en PCR-maskin

Det har varit lite tyst här på bloggen, men det är inte för att vi sitter och är passiva, det är för att vi håller på att planera inför hösten. Vi kommer finnas på en del konferenser, möten och events. Jag kommer säkert återkomma till vilka dessa är i ett senare inlägg. Men vi har också ytterligare fyra workshops som vi planerar att hålla under hösten. Håll koll på vår Meetup-grupp om du är intresserad av att delta på dessa (nästa är på söndag den 28:de september).

Senare under hösten ska jag hålla i en till workshop och lägger just nu nästan all min fritid på att få alla pusselbitar att falla på plats för att kunna genomföra workshopen. Om någon efter den workshopen skulle kalla det för att skriva svensk historia skulle jag inte bli förvånad 🙂 Men för att kunna genomföra den workshopen behöver jag en PCR-maskin. Det finns inte tillräckligt med tid för att bygga en och inte tillräckligt med pengar för att köpa en openPCR. Så om någon som jobbar på ett teknisk högskola eller på ett life science-företag läser det här och har en gammal maskin ståendes i förrådet som bara samlar damm så får ni gärna skänka det till ett gott ändamål. Konktakta mig i så fall på hej@biohacking.se.

Vad är biohacking för nåt?

En uppdaterad text om vad biohacking är för nåt finns här.

Efter inslaget om oss och biohacking i Sverigesradio har jag pratat med en del människor om biohacking och ingen har tidigare hört talas om begreppet biohacking. Det är bra att inslaget sändes, det betyder att folk pratar om det, lär sig och börjar känna sig bekväma med det.

Här kommer en förklaring av begreppet. De flesta har en vag uppfattning av vad bioteknik respektive hacking är för nåt. Bioteknik kan man säga är användningen av levande system, celler, virus, DNA och protein för forskning och utveckling. Hacking kommer från datorvärlden och betyder olika saker i olika sammanhang. Här beskriver jag den betydelse av ordet hacker som ligger närmast biohackingens mening av ordet. Hacker är en person som är väldigt insatt i sitt tekniska ämne, har en förmåga att hitta snygga och smarta lösningar på problem och har även en lekfull inställning till tekniken. Det finns också en hackarideologi vars huvudpunkter inkluderar att man delar med sig (hört talas om “sharing is caring”?), öppenhet, decentralisering, fri tillgång till information och att göra världen bättre. Ideologin kan sammanfattas som obehindrad och fri tillgång till information för att kunna skapa och vidareutveckla teknik för att få en bättre värld.

Som biohackers sneglar vi väldigt mycket på våra datorhackar-kusiner. Vi snor deras manifest, vi bygger vår ingengörskonst på deras ingengörskonst, vi drömmer om den utveckling de har haft och vi inspireras av deras ideologi. Som biohackers leker vi med bakterier, DNA och protein. Vi hittar enkla och hållbara lösningar. Vi delar med oss av våra resultat, sprider informationen och uppmanar andra att använda, förbättra och bygga på våra upptäckter. Vi använder vår kunskap och (bio)teknik för att få en bättre värld.

Men biohacking är ett väldigt brett begrepp och begränsar sig inte bara till bakterier och DNA. Just nu pågår det ett uppsving för ett rad olika teknikområden och rörelser som inkluderar en interaktion eller sammanblandning mellan det organiskt levande och mekanik och elektronik. Dessa rörelser inkluderas i begreppet biohacking. Utöver detta börjar det utvecklas mycket kultur runt biohackingrörelse, och som jag antar borde ingå i begreppet biohacking även om mycket av kulturen fanns innan biohacking fick sitt stora uppsving i mittan 00-talet.

Nedan följer en lista och beskrivning av de vanligast förekommande termerna, de största teknikområdena eller rörelserna som ingår eller relaterar till begreppet biohacking. Men observera att biohacking är under snabb utveckling just nu så användningen av dessa termer kommer att ändra. Det kommer tillkomma termer och vissa av dem kommer försvinna.

BioArt
En form av konst där konstnären använder sig av vävnader, bakterier, DNA och annat levande i skapande processen eller i slutresultatet av konstverket.

Bakterier som producerat fluorescerande protein i åtta olika färger.

Bakterier som producerat fluorescerande protein i åtta olika färger.

Biopunk
Jag har sett ordet Biopunk användas för att beskriva väldigt olika saker och användning är inte helt uppenbar. De två vanligaste betydelserna är dels att den kan användas helt utbytbart mot biohacking, men det görs nuförtoden nästan aldrig det. Dels används den för att beskriva en subgenre till sci-fi genren cyberpunk. Utgångspunkten i biopunk berättelser brukar generellt sett vara en dystropi där en individ eller grupp av människor förtrycks av en auktoritet som använder bioteknik för att kontrollera och tjäna pengar på människor. Människorna i berättelserna är själva ofta genetisk manipulerade. Exempel på biopunk-filmer är Gattaca, Frankenstein-filmer och In Time. Kan personligen rekommender filmen Gattaca.

Jag föreslår att man använder biopunk som en beskrivning av subgenren av cyberpunkulturen.

DIYbio
Personer som experimenterar och bygger med bakterier, DNA och protein antingen hemma eller i community-labbar. Ofta men inte nödvändigtvis med enklare medel än vad som finns att tillgå i företag eller myndigheter. Det finns även ett globalt nätverk av dessa hobby-biologer som kallas för DIYbio. De har en Google Group mailinglista där de diskuterar DIYbio och hjälper varandra lösa problem och massa annat.

DIYbio nätverkets logotyp.

DIYbio nätverkets logotyp.

Grinders
Personer som utför kirurgi på sig själva för att operera in implantat som sensorer, chippar och liknande. Tekniken kan också ligga på kroppen i form av tatueringar eller plåster. I video nedan talar grindern Amal Graafstra om de implantat han har och hur de hjälper honom i vardagslivet.

Quantified self
Personer som använder teknik för att ta fram mätvärden på sin egen biokemi, fysiska hälsa, omgivning och allt annat möjligt. Till exempel mätvärden på pulsen, blodsockervärden, kvalitet på sömn, luftfuktighet, EKG, kaloriintag, kroppshållning o.s.v. Tanken är att man med hjälp av siffror hålla kolla på sin egen hälsa, förbättra sin hälsa och tidigt upptäcka sjukdomar. Det är oklart vart gränsen går för vilka som anses ingå i QS-rörelsen med tanke på att de flesta av oss har koll på något mätvärde om oss själva eller vår omgivning (vikt, kaloriintag, blodsockernivå, rumstemperatur o.s.v).

Transhumanism/Post-humanism/Cyborgism
Intellektuella och kulturella rörelser som vill utrota sjukdom, åldrande och död genom att utveckla människan. Det är den bästa generella beskrivningen jag kan ge för dessa rörelser. Det finns så många idéer, diskussioner, texter och tolkningar av rörelser att de troligen skulle kunna vara hela vetenskaper. De anses inte ingå i termen biohacking men förekommer ofta i biohacking sammanhang och går ofta hand-i-hand med biohackingen. I Sverige finns föreningen Människaplus som är en gren av den internationella organisationen Humanity+. De är ett forum för människor inom dessa rörelser.

Personligen tycker jag det saknas begrepp inom biohackingen för personer som håller på med bioinformatik i biohacking-stil och för de som bygger mekaniska och elektroniska byggen för att behandla och analysera biologi som t.ex. PCR-maskiner och bioprinters. Det är möjligt att dessa kan ingå i termen DIYbio.

Jag själv håller bara på med det som går under termen DIYbio. Jag håller inte på med de andra grenarna men anser att de har potential att förbättra liv när de väl har mognat och jag följer deras utveckling.

Gå med i BioNyfikens maillista

Tycker du det verkar spännande med biohacking och vill vara med och driva utvecklingen i Sverige? Du kan börja med att gå med i vår Google Group där vi kommer börja föra våra diskussioner. En Google Group är helt enkelt en mailinglista. Så här gör du:

1. Klicka här.
2. Klicka på länken “Ansök om medlemskap”. Klicka på knappen “Ansök om att gå med i den här gruppen” när rutan poppar upp.

Alla får vara med så den här lilla processen är bara en liten formell grej.

Sen kan man följa diskussionerna på den sidan eller ställa in så att meddelandena som postas i gruppen mailas direkt till ens mail. Om du själv vill skriva till maillistan klicka på knappen “Nytt ämne” på sidan.

Sveriges Radio skriver om BioNyfiken

I söndags när vi hade vårt första event på Över gränsen-träffen var en av Sveriges Radios journalister på plats och bevakade en del av vår workshop. Han interjuvade mig lite medans jag visade en av deltagarna hur man extraherade sitt eget DNA. Förra året letade Sveriges Radio efter svenska biohackare men kunde inte hitta några. De åkte därför istället till Tyskland och interjuvade tyska biohackers. Nu behöver de inte resa utanför Stockholm längre.

Längre inslag:

Tack alla som deltog på BioNyfikens första event!

Då har vi gjort det, Sveriges första biohacking-event. Det var jävligt roligt och jävligt lyckat. Intresset var mycket större än jag trodde så jag tror verkligen att biohackingen har en framtid i Sverige. Det var väldigt många som var nyfikna och hade många frågor. Sverigesradio var också där och gjorde en interjuv medans jag visade en av deltagarna hur man extraherar sitt eget DNA. Vet inte om det kommer upp eller när men kommer länka det här om det kommer upp. Tack också till alla som deltog på vårt event!

Har tyvärr inga bilder. Hann inte ta några eftersom jag hade fullt upp med workshoppen och det var många intresserade som vill prata, men det var många andra som tog bilder så om någon annan lägger upp några bilder så kan jag sno dem.

Men hur går vi vidare härifrån? För det första har vi ytterligare fyra arrangemang planerade inför hösten. Vi letar också efter en lokal. Om någon har nåt tips får ni gärna höra av er. Det ska vara gratis eller riktigt billigt till en början. Det tredje är att om det finns företag eller universitet som vill ge bort labbutrustning tar vi gärna emot dem (när vi har lokal). Personligen ska jag hålla i ytterligare en workshop på temat om enklare labbutrustning som man kan bygga hemma. Jag planerar också för en del andra diybio-projekt som jag vill genomföra det kommande året.

Om man vill engagera sig i BioNyfiken eller följa med i vår utveckling kan man antingen bli medlem här, like:a oss på Facebook eller gå med i vår Meetup-grupp.

BioNyfikens första workshop på Över Gränsen imorgon

Imorgon är det dags för BioNyfikens första workshop. Den kommer hållas på den större träffen Bakom Skärmen – Över Gränsen som samlar diverse teknikorienterade föreningar i Stockholmsområdet för gemensamma samtal och mingel om teknik, nutid och framtid. Det kommer även bli en politikerpanel med representanter från Piratpartiet, Miljöpartiet och Moderaterna.

Under BioNyfikens workshop kommer vi visa hur man med enkla hushållsmedel kan extrahera sitt eget DNA och visa att tekniken kan användas för att extrahera DNA:t från nästan allt som innehåller DNA.

Plats
Hangövägen 18 i Värtahamnen. Enklaste sättet att ta sig dit är att åka tunnelbanans röda linje till Ropsten och sedan ta buss 76 mot Norra Hammarbyhamnen och gå av vid busshållsplatsen Hangövägen.

Tider att passa
Den stora träffen börjar klockan 14:00 och pågår till 17:00. BioNyfikens workshop börjar klockan 15:00 och sen så kör vi workshopen en gång till klockan 16:00.

Övrigt
Det är gratis att medverka i BioNyfikens workshop. Det kommer finnas mat och dryck att köpa för kontanter på plats men om du vill delta i Bionyfikens workshop bör du helst inte äta nåt 30-60 minuter innan workshopen börjar, så att du inte spottar ut matrester i din kopp.

Över gränsen

Calico och AbbVie inleder samarbete som besviker

Det är nästan exakt ett år sen nu Larry Page presenterade nyheten att Google skulle investera i ett det nya läkemedelsbolaget Calico som skulle jobba med fokus på åldersrelaterade sjukdomar. Art Levinson presenterades som företagets CEO. Och det har varit mycket kring Art Levison, som tydligen ska vara ett geni och tillräckligt galen för att klara av uppdraget med att lösa problem som cancer, neurologiska sjukdomar och åldrande. Men några mer intressant detaljer än så blev det inte.

Att det innovativa företaget Google som driver världen framåt på riktigt nu hade tagit sig an åldrande skapar självklart en hel del förväntningar. När Google säger att de ska lösa ett problem så tar man det påståendet på allvar. Men efter inlägget från Page, Googles pressmeddelande och TIME-artikeln med en exklusiv interjuv med Page så har det varit tyst om detta företag, tills igår. Då äntligen släpptes ett pressmeddelande. Nu skulle vi få lite mer konkreta detaljer om företaget och dess mål och strategi? Nope. Huvudbudskapet i pressmeddelandet är att Calico kommer samarbeta med läkemedelföretaget AbbVie där de båda företaget kommer dela på kostnader och vinster lika och att Calico sköter om grundforskningen och AbbVie tar hand om patenten…. eehh jag menar affärerna.

Alltså vad hände egentligen? Hela pressmeddelandet stinker av gammal klassisk big pharma retorik med ryggdunkanden och företagsdirektörer som ser stora ekonomiska vinster. Vad hände med innovationen? Var är detaljerna? Vad är strategin för att lösa de största medicinska problemen som existerar? Ska man bota cancer och åldrande kommer man behöva så mycket mer än ett gott samarbete. Och detta är dessutom ett gammalt hederligt trögflytande big pharma samarbete. Såna big pharma-projekt som alla nu vet inte brukar leda till några produkter alls och ännu mindre till några revolutionerande innovationer.

Jag hoppas jättemycket på att jag har fel och att det här är början på nåt nytt och stort i mänsklighetens historia. Det är bara att bevisen saknas. Det finns inga som helst tecken på att det här projektet är vad som Google hajpade det som för ett år sedan. Tyvärr.

Hur man sparar DNA över längre perioder

Det är en sak att extrahera DNA. Men hur gör man sen om man vill spara DNA:t över en längre period på kanske flera år? För det första är DNA-molekylen uppbyggt på ett visst sätt som gör hela molekylen relativt stabil, vilket självklart är viktigt eftersom DNA-molekylen bär på information som inte ska förändras under en livstid. Men det finns ändå många situationer och miljöer som innebär att DNA ändras eller bryts ned. I labbmiljö finns det främst två situationer som kan bryta ned DNA-molekylen och som man måste hantera för att kunna spara DNA undra längre perioder.

I det första fallet bryts DNA-strängen ned av en grupp enzymer som kallas för nukleaser. Nukleaser har till uppgift att bryta ned DNA-strängar och de finns naturligt i bakterie-, djur-, och växtceller där de fungerar som en försvarsmekanism för att bryta ned främmande DNA-strängar som tagit sig in i cellen, men bryter inte ned cellens egna DNA. Men när man slagit sönder celler så att cellernas innehåll hamnar i en enda röra kan dessa enzymer börja attackera och bryta sönder vilka DNA-strängar som helst.

I det andra fallet handlar det om att DNA-strängen bryts ned av att vattnet man använder i extraheringsprocessen är så rent att det är lite surt, och surt vatten bryter ned DNA-molekyler. Även om vattnet inte är surt så kommer koldioxidmängden över tid att öka i vattnet, vilket leder till en försurning av vattnet (samma  process som under den globala uppvärmningen lett till försurade hav).

I professionella labbar finns det en internationellt accepterad rutin för hur DNA ska lagras. I stort sett för alla tidsperioder handlar det om att förvara DNA:t i såkallad TE-buffer och sedan ställa det in i kylen vid 4 °C, om man tänker använda DNA:t ofta (varje vecka eller månad). Om man inte har tänkt använda DNA:t ganska omedelbart efter extraheringen och under ganska lång tid framåt (ett par månader till nåt år) så fryser man ner det (i TE-buffer) till -20 °C. Om man inte har tänkt använda DNA:t på flera år fryser man ned det i TE-buffer till -80 °C.

Anledningen till att man använder TE-buffer är för att denna buffer innehåller två komponenter som löser de två problemen där DNA bryts ned. Buffern är dels basisk och dels innehåller den EDTA som inaktiverar nukleasenzymer. Att man sedan lagrar DNA:t i ned till -80 °C är ett extra skydd mot nedbrytningen då nukleasenzymer blir inaktiva vid ungefär 4 °C.

Problemet när man ska lagra DNA hemma är att det är väldigt svårt att få tag på Tris och EDTA som är komponenterna till TE-buffer. Jag vet inte ens om privatpersoner får köpa eller inneha EDTA i Sverige eftersom det ämnet är svårnedbrytbart i naturen. I vilket fall som helst är TE-buffer till för proffsen och de seriösa projekten. Som hobbyister och som en rörelse som ska göra bioteknik mer tillgängligt för vanliga människor är vi ute efter förenklingar och alternativa ämnen där de är möjliga. Superprecision är kanske inte det främsta målet i varje steg i varje projekt. I detta fall vill vi lagra DNA under en längre period. Vi vet att enzymet blir inaktivt vid ungefär 4 °C och nedbrytningen av DNA på grund av surt vatten blir också mindre av att vi fryser och stänger in DNA-lösningen. Det vi helt enkelt kan göra är att frysa ned DNAt i -20 °C i vatten, utan att tillsätta TE-buffer och stänga in det i en behållare. Det är något man helt klart kan uppnå hemma (till skillnad från att frysa ned till -80 °C) Jag vet inte exakt hur länge DNA kan hålla i vatten nedfruset till -20 °C och det verkar vara delade meningar om hur länge det håller. Men att det kommer hålla en längre tid (år) borde vara möjligt.

Om någon vet mer om hur man som hobbybiohackare kan lagra DNA en längre tid eller vet om man kan lagra DNA i vatten nedfryst till -20 °C utan problem så berätta gärna nedan i kommentarerna.