Monthly Archives: August 2014

Biohacking 101 – Extrahera DNA

Nu har jag gjort det första självexperimentet. Extraherade mitt eget DNA. Att extrahera DNA, sitt eget eller något annat som innehåller DNA, känns väldigt mycket som bioteknikens motsvarighet till programmerarnas “Hello World”-test. Så om man ska börja någonstans så är det här.

Har letat runt på internet efter ett bra protokoll på hur man kan extrahera sitt eget DNA med enkla hushållsmedel men har inte hitta någon jag är helt nöjd med, och jag tycker dessutom att förklaringarna har varit för dåliga för varför man behöver varje enskild “ingrediens” och hur mycket av varje grej som behövs. Men efter att ha kollat på alla självextraheringsguider jag kunnat hitta så jag kommit fram till följande protokoll. Jag ska utföra fler försök för jag vill öka utbytet så mycket som möjligt inför söndagens workshop. Ska också testa med frukt. Förhoppningsvis finns lite lite jordgubbar kvar i affärerna fortfarande.

Protokoll för extrahering av DNA från saliv

Vissa saker är inte helt lätta att få tag på men det finns alternativ som funkar lika bra. Jag har skrivit alternativen inom parentes och även var man kan köpa dessa.

Vad du behöver:

15 ml destillerat vatten (Batterivatten duger bra. Finns att köpa på Biltema)
15 ml etanol >64% (T-röd funkar lika bra. Finns att köpa på Biltema)
1 nypa vanligt hushållssalt
1 droppe diskmedel

Bra att ha men inget krav:
Mätglas – Det blir så mycket enklare att mäta upp 15 ml med mätglas än med något annat. Men det är inget krav. Om man vill ha labbutrustning kan man köpa det på nätet.

2014-08-30 20.23.18

Så här gör du:

1. Mät upp 15 ml batterivatten i mätglaset och häll över det i en annan behållare, till exempel ett mindre glas. Om du inte har ett mätglas häll upp ungefär en matsked vatten i ett glas.
2. Ta två nypor salt och häll ner det i glaset med batterivattnet. Rör om med en sked tills saltet löst upp sig.
3. Gurgla vattnet i 30 – 60 sekunder. Desto längre du gurglar vattnet desto mer DNA får du i slutändan. Det är också viktigt att du skrapar tänderna mot dina kinder för att få med så många celler som möjligt. Det kan vara så att det är viktigare att skrapa tänderna mot kinderna än att faktiskt gurgla runt vattnet i munnen.
4. Spotta ut vattnet i ditt glas igen. Desto grumligare vattnet är, desto fler celler har du lyckats skrapa av dina kinder och därmed desto mer DNA kommer du få i slutändan. Vattnet bör vara väldigt grumligt.
5. Häll i en droppe diskmedel i glasetoch rör om försiktigt så att det inte bildas bubblor.
6. Mät upp 15 ml eller ungefär en matsked av T-röd i ditt mätglas eller i en annan behållare.
7. Tippa glaset med vattnet och dina celler och häll försiktigt över T-röd över vattnet så att T-röden skiktar sig över vattnet.
8. Låt stå i 3-5 minuter. Efter en stund kommer du se vita strängar i alkohol-delen av ditt glas. Det är ditt DNA. Du kan peta upp det med en tandpetare eller något liknande.

Resultatet:

Här är resultatet. Här har jag petat upp mitt eget DNA.

dna

Varför behövs just dessa “ingredienser”?

Destillerat vatten / Batterivatten: Jag har inte lyckats hitta någon förklaring till varför vattnet måste vara destillerat. Jag har testat lite med vanligt vatten, som verkar kunna funka lika bra men jag måste testa lite mer. Förklaringen jag kan tänka mig är att det dels är standard att använda destillerat vatten för vilka sorts experiment man än gör i ett professonellt labb och dels så behöver vattnet vara rent från bakterier så att man kan vara säker på att DNAt man får fram är från den organism man tagit ett prov av. Men inget av dessa anledningar är tillräckligt viktiga när man göra denna enkla experiment i sitt kök, så vanligt kranvatten bör fungera lika bra som destillerat vatten.

Salt: Att förklara mekanismen för saltet är lite för överkurs men saltet har en roll i att få DNAt utfällt. Enkelt förklarat interagerar saltet med det negativa DNAt vilket försvagar DNAts interaktion med vattenmolekylerna och därför kan DNAt fällas. Observera att det inte räcker med salt för att fälla ut DNAt. Man behöver även alkoholen.

Diskmedlet: Diskmedel löser upp fett. Fett är en typ av lipid. Cellers membran består av fosfolipider. Diskmedlet löser alltså upp cellmembranet och cellkärnans membran så att DNAt frigörs till vattnet.

Alkohol: Alkohol har lägre densitet än vatten. Det är därför lätt att skikta alkohol över vatten. Vatten är också mycket mer polärt än alkohol. Att vatten är starkt polärt innebär att DNA som är negativt gärna interagerar med de positiva polerna av vattet. I alkohol som inte är lika polärt som vatten kommer saltets natriumjoner enklare att interagera med DNAt och därför fälls DNAt ut i alkohol. Med tiden då allt mer DNA hamnar i alkohol skiktet så ser man allt mer utfällt DNA.

Frågor:
1. Måste man använda destillerat vatten/batterivatten? Varför?
2. Måste man tillsätta salt innan man gurglar?
3. Vissa protokoll säger att kall alkohol fungerar bättre än ljummen alkohol. Varför?
4. Hur länge är DNA hållbart i vatten?

Hur går man vidare?
Okej, nu när man kan få tag i sitt eget DNA, hur kan man gå vidare? Det jobbiga här är att DNAt man fått fram här är på tok för “smutsigt” för att man ska kunna gå vidare med det och utföra analyser på det. I den där strängen i sista bilden så finns inte bara DNA, det finns även massa proteiner, RNA och annat “cellskräp”. I professionella labbar renar man alltid DNAt från protein, RNA och annat skräp innan man slutligen förvarar DNAt i så kallad TE-buffer. Dessa reningsprocesser är lite mer komplicerade än att extrahera själva DNAt och det är nästa steg för mig att klura på hur man kan lösa utanför professionella labbar. Men eftersom det finns så många hobbyforskare så kan jag inte tänka mig att någon redan tagit fram ett protokoll för detta redan, så det borde inte vara svårt att hitta en lösning för hela extraherings- och reningsprocessen.

TEDx presentation av Cathal Garvey

En av nyckelpersonerna i biohacking rörelsen är irländaren Cathal Garvey. För ett par år sen var han en doktorandsstudent och ansågs vara en mycket lovande student. Men han hoppade av sin utbildning för att hålla på med biohacking på heltid. Han ser det som sitt uppdrag att jobba för att bioteknik hamnar i vanliga människors hem. Vad som gör honom lite extra speciell är att ingen kan ifrågasätt honom som (bio)hacker för han bygger så mycket han kan från grunden. Till skillnad från till exempel franska biospacet La Paillasse som specialiserat sig på att införskaffa utrustning från professionella laboratorier som ger bort gammal utrustning gratis.

För ganska exakt ett år sen höll Cathal ett tal på en Tedx-konferens där han pratade om hur man kan göra bioteknik hemma, vad som gjorts hittills, vad han själv har gjort och vilka hinder som finns för den forsatta utvecklingen av biohackingen.

Här kan du köpa labbutrustning

Det börjar närma sig att börja med praktiska saker. Man kan klara sig till viss del utan professionell utrustning, men det blir så mycket enklare om man har en del professionell utrustning. Det är för övrigt en hel diskussion om hur mycket professionell utrustning man kan ha få ha tillgång till innan det inte längre kan kallas biohacking. Ska man bygga all utrustning själv? Eller får man köpa in vissa saker? Det är en diskussion för senare blogginlägg. Här kommer istället en lista på några webbutiker i Sverige som säljer en del enklare labbutrustning även till privatpersoner. Med en del E-kolvar och mätglas kan man faktiskt komma göra ganska mycket, speciellt om man kombinerar det med de kemikalier man kan köpa i vanliga butiker. En sådan lista på diverse olika kemikalier som man som privatperson har tillgång till kommer komma senare.

Om du känner till fler butiker man kan handla labbutrustning från så dela med sig i kommentarerna.

Sagitta.se
Alega.se
Heraco.se

ALS Ice bucket challenge och varför citizen science behövs

ALS Ice bucket challenge har haft en stor spridning bland kändisar runt om i världen. Jag tvivlar på att speciellt många av dem vet vad ALS är för nåt och lär inte heller inse hur allvarlig sjukdomen är. De flesta av dem gör det nog mest för uppmärksamhetens skull. Det sägs till och med att Oprah gjorde det för att promota en film hon nyligen producerat. Det gör inget, all uppmärksamhet är bra uppmärksamhet. Det här är en sjukdom som få drabbas av och de flesta dör av inom ett par år efter diagnos. Det finns därför inget större intresse bland läkemedelsindustrin att forska kring sjukdomen och ta fram läkemedel. Det är en av anledningarna till biospaces behöver skapas och utvecklas. Att ge makten över forskning och utveckling till de som har andra intressen än (stora) företag. Att få människor att inse att de kan ta den makten och att få medicinska utveckligen att gå snabbare. Om du ska titta på en enda ALS Ice Bucket Challenge-video så kolla på den som är länkad i detta inlägg. Donera sen lite pengar till ALS-forskningen (Hjärnfonden eller Ulla-Carin Lindquist stiftelse för ALS-forskning). Hjälp sen gärna till att bygga upp BioNyfiken. Just nu är all hjälp bra hjälp.

Lansering av BioNyfiken

Så då har vi lanserat BioNyfiken som är Sveriges troligen första biohackerspace. Fast något space har vi inte riktigt än, men vi jobbar på det. Se till att komma på våra workshops under hösten om ni vill bli involverade i den svenska biohackingrörelsen!

Här är pressmeddelandet:

Lansering av BioNyfiken – en svensk biohackerförening

Den internationella biohackerrörelsen kommer nu till Sverige. Idag lanseras biohackerföreningen BioNyfiken – www.bionyfiken.se – en mötesplats för personer som är intresserade av gör-det-själv-biologi, av smarta kroppsimplantat och att utveckla sina fysiska och intellektuella förmågor med teknikens hjälp.

Biohacking innebär i korthet ett intresse för att exprimentera med biologi och människokroppen med hjälp av modern teknik. Biohackingrörelsen är en växande internationell rörelse som hämtar sin kraft från den snabba teknikutveckling som sker inom bland annat syntetisk biologi, DNA-analys och utvecklingen av kroppsnära sensorer.

BioNyfikens första publika arrangemang äger rum den 7 september på ämnet: Så bygger du din egen DNA-databas. Den är öppen för allmänheten. Andra planerade seminarier har rubriker som: ”Hacka din hjärna”, ”Smart hud” eller ”Bygg ditt eget kökslaboratorium”. Mer information finns på föreningens sajt bionyfiken.se

Sina Amoor Pour, som är en av initiativtagarna till BioNyfiken, säger:

”Syftet med BioNyfiken är folkbildning. Vad som för femton år sedan bara var möjligt att göra i stora laboratorier är idag möjligt att göra hemma i köket. Vi vill att fler människor skall ha kunskap om de möjligheter som finns inom syntetisk biologi och bodyhacking.”

Hannes Sjöblad, som är en av initiativtagarna till BioNyfiken, säger:

”Modern bioteknik är otroligt kraftfull, med dess hjälp kan vi både skapa och skada livet självt. Den finns där och den kan inte stoppas eller förbjudas. Den kan heller inte ignoreras, vilket dessvärre är vad som ofta sker. Vår ståndpunkt som biohackare är att det är av yttersta värde att det finns kunskaper om denna kraftfulla teknik och hur den används bland vanliga oberoende medborgare.”

Stockholm, 20 augusti 2014

För mer information, kontakta

Kontaktuppgifter
Hannes Sjöblad, tel: +46 735 353 000
E-postadress: info@bionyfiken.se
Hemsida http://www.bionyfiken.se/
Twitter @bionyfiken
Facebook https://www.facebook.com/BioNyfiken

David Hewlett från Stargate vill starta Youtube-serie om DIYBio

David Hewlett, mer känd som Rodney McKay i scifi-serien Stargate Atlantis har på initiativ av en Youtube-användare lagt upp två youtubevideos (se längre ned i posten) där han uttrycker intresse om att skapa en youtubeserie om DIYBio. Just nu handlar det bara om initiala diskussioner, men tanken är att göra videos som inspirerar människor och ger dem grundläggande kunskaper att bli involverade i DIYBio-rörelsen. Mer specifikt skulle videon vara interjuver/dokumänter, tutorials eller ha en lärande karaktär. Vi får se vart diskussionera leder men hoppas på att idén blir verklighet.

Första biohacking-eventet i Sverige

Arbetet med Sverige första (?) biohacking-grupp går vidare och det finns nu ett datum för vår allra första workshop. Jag håller i det workshoppet och jag kommer visa hur man med väldigt enkla medel kan extrahera sitt eget DNA. Jag tror att det här blir Sveriges första mer officiella biohacking-event. Under hösten blir det totalt fyra olika workshop som relaterar till biohacking på ett eller annat sätt. Senare i höst håller jag i ännu en workshop som kommer handla om biohackingens verktyg.

Man kan anmäla sig till den första workshop:en på vår Meetup-grupp.

Biocoder – Ett biohackingzine

biocoder

Har hittat nåt som kan vara ett riktigt bra klipp. Det är en biohacking-tidning som ges ut var tredje månad av datorbokförlaget O’Reilly. Hittills har det kommit ut fyra nummer av magazinet och de har hittills varit gratis att ladda ner. Det är korta men väldigt intressanta artiklar kring allt som har med diybiologi att göra. Artiklarna skrivs av nyckelpersoner inom diybio-rörelse så man får en förstahandsupplevelse. I det första numret kan man till exempel läsa om bioprintern som biomarkerspacet Biocurious byggde förra året. Man får en introduktion till den nya och hyllade genredigering-metoden som kallas CRISPR och att det finns biospaces som exprimenterar med tekniken. En annan artikel handlar om hur det juridiska hål Monsanto använde för att få deras Bluegrass produkt godkänt för försäljning nu används av människor i diybio-rörelsen för att skapa lysande växter. Har ytterligare tre nummer av magazinet att läsa mig igenom. Ser fram emot det.

Biocoder kan ladda ned här.